九九舰爆的处女秀于1939年，随着航空母舰战队至中国华南沿海一带进行支援陆军的轰炸任务。1941年底，九九舰爆随着第一与第二航空战队一起参加了偷袭珍珠港攻击行动，同时爆发太平洋战争，在珍珠港攻击事件中，九九舰爆的战绩显赫，当时日本海军的飞行员皆接受了严酷的训练，所以在飞行员技术纯熟士气高昂状况下，停泊在珍珠港内的许多战舰都成了它俯冲投弹的牺牲品。直到中途岛海战之后，日本海军技术高超的优秀飞行员几乎所剩无几，再加上美军的SB2C地狱俯冲者式问世之后，九九舰爆在空中的优势也宣告结束。而九九舰爆的后继机种：空技厂D4Y彗星的研发落后，生产与设计也出现许多问题，以致于战争末期，许多只受过粗浅训练毫无经验的飞行员还是驾着九九舰爆上战场，成为美军战斗机的标靶，最后只能以神风特攻队的自杀机作为结尾收场。