在神学上，爱任纽也可以说是贯串当时东西方新旧二派：一派是约翰与伊格那丢的神学，一派教护教士及大公教会运动所代表的思想。他富于宗教热情，喜欢研究得救问题。他根据保罗与伊格那丢的神学观点认为基督是第二亚当。他确证创造的善：第一亚当原为善，只因犯罪背逆神，才失去良善与永生。不过，人在亚当里失落了的神的形象，却能在基督里恢复，这就是他所创的“万物复元论”。基督又是神的完全启示，信徒借着圣餐得与基督联合。爱氏将基督为第二个亚当论，推展到耶稣的肉身母亲为第二个夏娃，这种希奇的说法，意外地开展了崇拜马利亚之先河；其实这是他所不赞同的。爱氏也同时强调得救是人与基督联合、道德的转变、基督的赎罪。他对主再来抱有强烈的盼望。又称圣子与圣灵为创造者圣父的左右手，在创造与救赎的工作上合一。

为了维护正统信仰，爱任纽极力反对当时勃兴的孟他努派（注一）及诺斯底派（注二），不遗余力地与之争辩，以他的著作中可见一斑。

爱氏著书颇多，其中以“反异端”和“使徒宣道论证”等为最主要的著述，内中显出他的神学纯正，跟随使徒的教训。首书为五卷反异端的论文，内中他强调真纯的传统已存在福音书内，而非一些流传失实的神秘传统如诺斯底派。卷一反驳华伦天奴士门生多利买土的异端（注三）。卷二用逻辑学反斥诺斯底派之虚渺。卷三至五引用圣言驳斥他们的错谬。由此可见爱任纽是反对灵意释经法的。

“使徒宣道论证”为一百章洋洋巨著，原为一本教导初信者的教义手册，但多含护教性的论调，强调神为创造宇宙的主宰，其旨不可抗拒，其能无量，他非撒但，为统治万有的神。这些颇近福音派神学的特色。

这些著作，在护教方面有极大的贡献与价值。因为早期有关异端的教训的记录大多散失，爱任纽的著作成为新约时代与尼西亚会议前之间最重要的资料；经常被反异端的作家采用。至于爱氐的希腊文著作只有誊正本仍存留着，这些誊正本极有可能是据拉丁文的译本重新编辑成的。在一九零四年重新发现了亚兰文译本的“使徒宣道论证”，更是从旧约预解释基督论及延伸基督教神学的凭证。

爱氏将新、旧两约圣经等量齐观，同时对四福音的正典地位作出强力的答辩。在他的著作及讲道中，引用过大部分新约经卷，对奠定新约正典有莫大裨益。他也是首先承论“四福音”的人。此外，又宣传“使徒信经”（注四）的重要。在守复活节争辩中(Pascal Controversy)，他主张用星期日，反对当时犹太人所用尼散月十四日后第三天。只可惜在有些问题上，爱氏是个守旧派，他主张婴孩受洗才能除去原罪，成为天主教的据点。

（注一）第二世纪初期有一异教归主的祭司名孟他努，他认为当时的教会缺乏圣灵的能力，宣称自己得着圣灵的启示，他的话比圣经更具权威。他把罪分成两种，一种是不可赦致死之罪，另一种是可得赦免的。大公教会为了有形教会的稳定，大力的压制了孟他努主义，甚至使得圣灵的感动在教会中成为经常受到质疑的行为。但他的思想在其后却深深影响当时的教会。

（注二）是使徒时代末期一个非常严重的异端，一直影响第二、三世纪的教会。诺斯底主义的谬误是否认耶稣的历史性及他的降生。这主义把宇宙分成灵性及物质两个世界，人要得着神秘的智慧，加上禁欲克己才可得救，达到最高的灵性世界。他们认为耶稣在世上的出现是个幻想。

（注三）诺斯底主义也分许多派别，彼此之间会有些差别。其中以华伦天奴影响最钜。

（注四） 为了抵挡诺斯底主义，澄清正统信仰的立场，教会便创订了“使徒信经”。