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守护女神和涅普姬雅在叶界墓地与魔法固件对峙，被轻松击败。众女神一起被抓获并被监禁了三年。在伊丝特娲儿的协助下，爱耶芙和空帕带着制作好的信仰水晶前来执行救援任务，由于被敌人发现、信仰水晶的能量不够，仅仅救出了涅普姬雅，为了保险起见三人撤回游汐叶界。

返回紫耀之都后，涅普姬雅休息了几天终于醒来，众人开了个小会，交代了一下接下来要做的事情，爱耶芙和空帕就带着涅普姬雅出发了。

路上涅普姬雅询问爱耶芙的工作，爱耶芙说道自己一直在紫耀之都谍报部门工作，目前处于半停工的状态，即便不去上班也没什么影响，谍报部的人非常多。谍报部门负责收集其他国家的机密情报或者故意放出假情报，最近的工作主要是为了对付犯罪神组织。涅普姬雅感觉非常内疚，爱耶芙安慰涅普姬雅不要往心里去。

爱耶芙带着涅普姬雅完成公会任务，以便于找回战斗的感觉，在战斗过程中史莱犬们合成了一个巨大的史莱犬，爱耶芙便让涅普姬雅女神化解决，但此时涅普姬雅内心仍然有些阴影，导致无法女神化，三人便一同战斗击败了巨型史莱犬。完成任务后，爱耶芙将涅普能量水的制作书交给了涅普姬雅。

返回紫耀之都教会之后，伊丝特娲儿告诉众人游汐角色就在VR森林深处的位置。众人出发寻找，找到的时候发现琳达正准备消灭游汐角色。琳达自我介绍完后，爱耶芙众人说道下属不就是喽啰吗，三人的话语激怒了琳达，琳达将展示了力量，将涅普姬雅推开，然后准备先教训涅普姬雅，棍棒下去的一瞬间爱耶芙用身体挡住了攻击，千钧一发之际，爱耶芙的话语解开了涅普姬雅内心中的芥蒂，让涅普姬雅重新振作，成功女神化并击败了琳达。击败琳达后，空帕有些吃醋了。

返回紫耀之都教会后，爱耶芙向伊丝特娲儿报告了所有事件。众人决定出发前往黑土边域，以阻止琳达破坏黑土边域的游汐角色，同时也为了获得黑土边域女神候补生的支持。

爱耶芙一行人在黑土边域地区，准备先去公会完成委托。与优妮战斗后，为了寻找古代游汐叶界角色，便来到教会求助神宫寺惠。神宫寺惠的情报网络十分发达，时刻都能关注到爱耶芙一行人的动向。提出了等价交换来分享情报，并拜托爱耶芙一行人帮助收集素材。但随后又追问起诺瓦露的状态，被爱耶芙及时予以回绝。于是爱耶芙一行人出发前去收集素材。

在收集完素材后，爱耶芙一行人回到黑土边域，神宫寺惠让下属引导她们击败怪物（实为收集材料）。交换材料后，神宫寺惠与爱耶芙一行人交换了情报。爱耶芙一行人成功与黑土边域的古代游汐叶界角色达成合作，向神宫寺惠报告。报告完毕后，众人离开黑土边域前往白露之滨。

爱耶芙一行人与拉姆萝姆发生冲突后，为了寻找古代游汐叶界角色，便来到白露之滨教会求助西泽美奈，但西泽美奈婉拒了，美奈说白露之滨的游汐角色一旦离开，白露之滨就会发生灾难。美奈为爱耶芙等人提供了玛洁空奴的资料，众人得知玛洁空奴来自白露之滨，这大概解释了为什么白露之滨是遭受犯罪神组织渗透最严重的国家。萝姆拉姆二人突然出现，发现就是之前与自己冲突的爱耶芙一行人，于是西泽美奈令这对双胞胎向众人道歉。

后来白露之滨的游汐角色被琳达消灭，造成杀戮机器的封印失效，大量的杀戮机器出现在白露之滨，西泽美奈知道了涅普姬雅一行人的报告后感觉非常紧张。西泽美奈解释了杀戮机器的来源——由犯罪神创造的危险之物，传说在白露之滨封印了有几百台。美奈于是拜托爱耶芙一行人帮忙收集情报。通过使用Gust（Broccoli）提到的相似的素材，修复了游汐角色的光盘，让游汐角色复活了。美奈拜托涅普姬雅帮忙解决杀戮机器的问题。解决问题后，美奈感谢爱耶芙一行人，爱耶芙一行人向美奈告别。

此时箱崎千香邀请涅普姬雅一行人去绿荫箱庭。爱耶芙一行人来到绿荫箱庭教会与箱崎千香短暂交谈，得到了一个委托后前去讨伐，在此途中遇到了Cave，Cave和爱耶芙一行人分析千香有些问题，经过考证发现这个千香是琳达假冒的，于是一路追寻后爱耶芙一行人救出了真正的千香后返回了教会。正当涅普姬雅疑惑是之前的假冒千香小姐还是眼前的真正的千香小姐邀请自己来绿荫箱庭，千香解释听说有女神整在回复各国的信仰之心，于是就邀请涅普姬雅一行人来到这个没有守护女神的国家帮忙了。千香立刻询问贝露的有关情况，不要废话，并提到可以提供任何情报。涅普姬雅说为了解救贝露需要游汐角色的帮助，千香提供了游汐角色曾经去过的位置，并提到在自己被抓之前游汐角色就已经落入了犯罪神组织的手中。千香提到游汐角色目前仍然存活，否则绿荫箱庭也会出现相应的预兆。

爱耶芙一行人救回游汐角色后，涅普姬雅请求将游汐角色带走，千香同意了，前提是一定要解救出贝露，在贝露回归前自己会一直坚守绿荫箱庭，贝露始终是首要的。

为了收集信仰之心，千香令5pb.举办音乐会。前期非常顺利，千香也志在必得，但当一个男性乐队出现后，令男性观众非常失望，与千香的预想出了些偏差。涅普姬雅等女神候补生着力于拯救演唱会并令演唱会照常举办。演唱会结束后，千香非常高兴，爱耶芙一行人离开了绿荫箱庭。

爱耶芙等人一起进入叶界墓地并击败了审判固件，然后使用增强的信仰水晶成功唤醒了四女神。涅普缇努刚想摆摆姐姐的架子就被爱耶芙无情地戳破了，于是众人返回紫耀之都休息。叶界墓地有些不好的动静，于是女神候补生们和爱耶芙等人再一次出发前往叶界墓地，但由于魔法固件和巨大化破解鼠的出现让众人陷入危机，四女神突然出现解救了众人。四女神由于力量耗尽恢复为原形态，然后去绿荫箱庭找到了巨大化的破解鼠并将之击败。在这之后，爱耶芙一行人阻止了犯罪神组织的行动（黑土边域工厂的作乱、绿荫箱庭首都被破坏、伊丝特娲儿被绑架、紫耀之都全境被占），但即便如此也无法阻止犯罪神的复活。

由于守护女神们在叶界墓地困了三年，这三年间的国家事务堆积如山。休息好后的涅普缇努被迫开始处理这些积压的文件，但由于实在太多受不了了准备逃跑，被爱耶芙成功捕捉，于是涅普缇努只好硬着头皮继续处理事物。之后众人再一次前往叶界墓地与犯罪神玛洁空奴战斗，结果玛洁空奴与叶界墓地融为一体，一行人只能暂时撤退。

爱耶芙等人前往叶界墓地与犯罪神玛洁空奴战斗，结果玛洁空奴与叶界墓地融为一体，一行人只能暂时撤退。爱耶芙一行人返回紫耀之都教会向教祖们解释情况，但在会议期间他们被告知，犯罪神组织四天王以及成员出现在每个国家，要求所有人都崇拜犯罪神，否则他们将被消灭。

在从西泽美奈那里听说有游汐角色的线索后，爱耶芙一行人找到了她并请教了如何击败犯罪神。在获得了必要的信息之后，爱耶芙一行人就返回教会并分享了她们的发现，然后泡温泉进行了放松。第二天，她们出发去对付犯罪神组织四天王。

在从紫耀之都的前代守护女神乌拉努丝（天王星）那里了解到击败犯罪神的最佳方法后，一行人前往叶界墓地的核心地带，由涅普姬雅完完全全地消灭了犯罪神。战后，涅普姬雅用尽了力量，在爱耶芙和其余角色的帮助下，所有人都返回了游汐叶界，叶界墓地也随之毁灭，游汐叶界再也无法被犯罪神组织破坏，主角们开始了和平的生活。一日，爱耶芙收到消息，有人还在贩卖烧录卡，正巧Falcom也在，于是爱耶芙前去解决此事。

二人找了一圈，发现是琳达和破解鼠正在售卖烧录卡。爱耶芙说果然是她们两个人，琳达和破解鼠听了二人的一番说教之后，自知打不过对方，于是便逃跑了，爱耶芙和Falcom继续追赶。

一段时间后，紫耀之都暴动的市民团体造成了一系列破坏，为首的琪瑟乔蕾伊得到了不明力量女神化后展开了结界并对紫耀之都进行了大肆破坏，后来被涅普缇努等人击败后失去了力量和记忆。为了让她赎罪，爱耶芙一直在监督琪瑟乔蕾伊修复紫耀之都的工作。蕾伊感觉撑不住了请求休息，爱耶芙说作为事情的元凶蕾伊干得还远远不够。当空帕到达后，她同意琪瑟乔蕾伊休息一下。