农垦牡丹江管理局位于黑龙江省东南部东经131°13′—133°37′，北纬44°57′—46°12′22″之间。北倚完达山，东以乌苏里江、松阿察河，南临兴凯湖、穆棱河与俄罗斯隔河相望。全局土地总面积83万公顷，其中：耕地30.7万公顷；林地14.4万公顷；草原4.8万公顷；水面7.4万公顷；可垦荒地7.3万公顷，其他土地面积18.4万公顷。全局水资源总量为237.8亿立方米。流经境内的河流主要有乌苏里江、穆棱河、小穆棱河、松阿察河、七虎林河及挠力河等。大、小兴凯湖及流经的大江大河为全局260万亩水稻灌溉和发展水产养殖提供了重要保证。

管理局属中温带大陆性季风气候区，年平均降雨量在500—600mm之间，年积温在23.50℃—28.00℃之间，无霜期为125—150天。