为强化对独立学院的宏观管理，教育部于2003年下半年开始对原有360多所所谓“二级学院”进行清理整顿、重新登记。经过逐个审查，取消了其中100多所“二级学院”的办学资格，并对其中249所进行了重新登记。通过整顿，独立学院 “优”、“新”、“独”的特征获得了各界的广泛认同。但是，由于其举办体制的公有性和运行机制的民营性之间存在着深刻的矛盾，因而这一时期独立学院的发展带有明显的“双轨制”特征。

一方面，这一时期独立学院大规模、高速度发展，规模与数量急剧增加；

另一方面，达到普通本科录取分数线且家庭具有支付能力的考生则越来越少。这导致独立学院之间展开激烈的生源竞争。对此，教育部于2005年发布通知，对独立学院招生工作提出了“五个不得”规定，即规定独立学院不得擅自超计划招生，不得委托任何中介机构组织生源或进行录取工作，不得向学生收取国家规定的收费项目和标准以外的任何费用，不得违规降低标准录取考生，不得以专科批次录取、按“专本连读”培养等。为进一步规范独立学院的办学行为，教育部还对已经注册登记的独立学院的基本办学条件、招生情况和教学工作进行了专项检查，并将检查结果予以通报，纠正了违规问题。

2005年，教育部对湖北省7所违规招生的独立学院进行了通报批评，减少了这7所独立学院当年的招生计划，并责成各省教育行政部门对所辖区域内存在办学条件不达标、申办方和投资方未尽职责等问题的独立学院进行整改；2006年，教育部对6所完全靠租赁土地和教学行政用房办学的独立学院停止了2006年度招生资格，对38所自有土地、教学行政用房不达标的独立学院限制了2006年度的招生人数，对189所资产未过户的独立学院提出通报批评，对77所因统计报表填报错误或因计入中等职业教育在校生规模而导致了办学条件达不到有关规定要求的普通高校、独立学院也给予了通报批评。通过一系列强化管理与政策引导，独立学院自主办学、自我管理、自我约束能力逐步得到增强。

3．开始向应用型本科教育的办学方向转型

独立学院一般是在申办高校的优势学科、特色专业的基础上发展起来的，与母体高校在培养目标、专业设置方面的雷同现象十分严重。据统计，仅湖北省17所省属高校举办的20所独立学院中，专业与母体高校的雷同率超过96%；有13所独立学院的专业与母体高校完全相同。这在独立学院创办初期，尤其是由母体高校颁发学历文凭时期对考生具有吸引力。但随着自授学位，有很大一部分转设为民办普通高等学校后，招生中母体高校“光环效应”的逐渐减退或者取消，原有的学科专业不仅不再是吸引考生的优势，反而成为与母体高校争生源、争就业市场的根源。迫于生存压力，不少独立学院开始转设或者转变办学方向，面向区域经济发展打造应用型本科人才培养特色。

2008年，教育部发布了《独立学院设置与管理办法》（以下简称教育部26号令），提出将于2013年完成独立学院的改革，并指出了独立学院继续作为独立学院存在、转设为独立设置本科学校、撤销或合并的3条“出路”。

1．独立学院获得了新的发展基点

教育部“26号令”的发布，廓清了1998年至2008年的一系列困扰人们的理论与实践问题办学者的疑难问题，使得独立学院的发展前景也更加清晰。

其一，关于独立学院的性质，教育部“26号令”第二条明确指出：“本办法所称独立学院，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。”与教育部“8号文件”相比，教育部“26号令”突出了“举办者”和“经费来源”这两项最基本的办学要件，从而明确了独立学院各办学主体所应担负的责任与义务。

其二，关于独立学院的权益，教育部“26号令”明确提出独立学院依法享有《民办教育促进法》及其实施条例所提出的所有鼓励性、扶持性政策，包括专项资金支持、闲置土地出租出让支持、金融信贷支持、税收优惠支持、公益事业用地支持、教职工权益保护、家庭经济困难学生资助等。

其三，关于申办高校的权益，教育部“26号令”突出强调：普通高等学校对独立学院投入的学校名称、知识产权等无形资产，可以从独立学院的办学结余中取得合理回报；独立学院使用普通高等学校的管理资源和师资、课程等教育教学资源，其相关费用也要按照双方约定或者国家有关规定列入独立学院的办学成本。

其四，关于参与举办者的权益，教育部“26号令”明确规定：参与举办独立学院的社会组织或者个人，与普通高等学校一样都是独立学院的举办者之一；独立学院出资人依法可以从独立学院的办学结余中取得合理回报。这些规定较好地回答了有关独立学院举办者能否取得、如何取得“合理回报”的核心问题，有利于吸引更多社会资源投入民办高等教育事业。

2．向民办普通高校“转设”是出路之一

教育部“26号令”对已经设立的三百多所独立学院提出了一个5年的考察验收期。在此期间，独立学院将面临6种选择：或者以独立学院的形式继续办学，或者转设公办，或者“回归”申办普通高校，或者转设为民办普通高校，或者并入其他民办高校，或者被终止办学资格。

其中，对于那些以民间资本为主体的独立学院，教育部将推动其逐步转设为独立建制的民办普通高校。这既是国家宏观政策的价值导向，也是多数独立学院求生存、谋发展的必然选择。事实上，由于独立学院具有本科起点的明显优势，因而它更应该成为中国民办普通本科高校的“孵化器”。在此之前，中国只批准设置了27所民办普通本科高校。而2008年10月，教育部就一次性批准4所独立学院转设为民办普通本科高校；2009年6月又有一所独立学院完成转设，其力度之大实属罕见。

3．要以普通高校设置标准指导转设工作

当前，教育部规定的5年过渡期已经过去了1/5时间。必须按照国家的统一部署与独立学院的发展要求，做好迎接考察验收的准备工作。因此，必须对相关政策和规定进行认真解读，力争在规定期限内成功实现由独立学院向民办普通高校的“转设”。

2006年，教育部发布的《关于“十一五”期间普通高等学校设置工作的意见》（教发〔2006〕17号）就已经明确提出：“独立学院视需要和条件按普通高等学校设置程序可以逐步转设为独立建制的民办普通高等学校。”为此，教育部配发了《普通本科学校设置暂行规定》（教发〔2006〕18号），对普通高校的各项设置标准都提出了明确要求；2008年教育部发布的“26号令”更进一步提出了独立学院的设置标准和管理办法，这既是国家实施考察验收的依据，也是独立学院自身发展的方向。根据“转设”工作的特殊要求，要特别关注其中的三项规定：

一是关于普通高校设置标准的要求，包括办学规模、学科专业设置、师资队伍、教学科研水平、基础设施、办学经费及领导班子配备等；

二是关于学校名称的确定，必须根据人才培养目标、办学层次、类型、学科门类、教学科研水平、规模、领导体制、所在地等来确定；

三是关于“转设”的申请程序，这应当由学校主管部门委托其教育行政部门邀请规划、人才、劳动人事、财政、基本建设等有关部门和专家共同进行考察、论证，并提出论证报告，报请国家教育部审批。在此期间，独立学院必须在有限的时间内努力改善办学条件，尤其要加强基础设施和师资队伍建设，同时按照学校发展目标和人才培养要求积极调整专业设置，完善教学计划、教学规范及教学管理制度，力争使各项办学条件都达到民办普通高校所应有的基本要求。

2020年5月18日，教育部办公厅发布了《关于加快推进独立学院转设工作的实施方案》，2020年末，各独立学院全部制定转设工作方案，同时推动一批独立学院实现转设。原则上，中央部属高校、部省合作共建高校举办的独立学院要率先完成转设，其他独立学院要尽早完成转设。转设路径为办学协议完善，办学主体间权利义务划分清晰，办学条件达到本科高校设置标准的独立学院，可转设为独立设置的民办普通本科高校；无社会举办方（指由公办高校单独举办，公办高校与学校基金会、校办企业、学校附属医院、校友会或学校工会等下属机构合作举办，以及公办高校与地方政府合作举办）或社会举办方拟退出举办、地方政府有条件承接举办的，鼓励转设为独立设置的公办普通本科高校，对于无社会举办方的独立学院（即所谓的“校中校”），如转为民办普通本科高校，须明确非营利性，不得以任何方式将举办权转让给其他社会组织和个人；已停止招生，或由于各种原因无法完成转设，或举办者主动提出且条件具备的，终止办学，撤销建制。

2024年10月，教育部发布《2023年全国教育事业发展统计公报》，公报显示，全国共有高等学校3074所。其中，独立学院164所。

国家规定，申请者要对独立学院的教学和管理负责，并保证办学质量；合作者要负责提供独立学院办学所需的各项条件和设施，参与学院的管理、监督和领导。

参与举办独立学院的社会组织，注册资金不低于5000万元，总资产不少于3亿元，净资产不少于1.2亿元，资产负债率低于60%。而参与举办独立学院的个人，个人总资产不低于3亿元，其中货币资金不少于1.2亿元。

根据教育部要求，参与举办独立学院的普通高校须具有较高的教学水平和管理水平，较好的办学条件，一般应具有博士学位授予权。独立学院要设理事会或董事会，由参与举办独立学院的普通高校代表、社会组织或个人代表、独立学院院长、教职工代表等人员组成。其中，普通高校代表不得少于五分之二。另外，独立学院的名称前冠以参与举办的高校的名称，不得使用高校内设院系和学科的名称。独立学院按不低于1∶200的师生比配备辅导员，每个班级配备1名班主任。

独立学院应具有独立的法人资格，独立的校园校舍，独立进行教学和财产管理，独立招生和颁发毕业证书。由于独立学院属于本科层次，所以由教育部负责审批。凡未经教育部审批的，国家均不承认其学历。独立学院在特定情况下有时也被称为“独立二级学院”，它与公办大学内部各下属的二级学院有区别。

独立学院的招生是通过学院办学所在的省市，根据参加全国高考统一招生的招生录取的。独立学院的毕业生将获得国家承认的学历证书。对学习期满且成绩合格的学生，发给独立学院的毕业证书；符合学位授予条件的，授予独立学院的学士学位证书。

独立学院与大学内部下属二级学院的重要区别还在于其部分独立性。独立学院有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，应具有独立法人资格，能独立承担民事责任。独立学院还按国家有关教育事业统计工作的规定，独立填报《高等教育基层统计报表》。

独立学院与大学内部下属二级学院的区别还在于其部分的民办性。独立学院由于其独立性，其经费来源不是来自国家拨款，而是由学院的举办方通过各种方式筹集得到，在经费、学费和其他一些相关的管理上也都是参照民办大学的方式进行管理。独立学院正逐渐成为当前和今后一个时期内，中国高等教育发展的重要组成部分。

根据教育部有关规定，高校独立学院发放毕业证书有变，2003年独立学院招收的新生，毕业证书不再发放母体高校的证书，改发独立学院的证书。学士学位证书还是由母体高校发放。

依据《独立学院设置与管理办法》进行了调整和充实、达到学士学位授予单位条件并经各省级学位委员会审核批准的独立学院，从2008年秋季入学的学生开始，以独立学院的名称颁发学士学位证书。2008年以前入学的学生，由独立学院组织申请其他学士学位授予单位的学士学位。

《教育法》第三条规定：国家坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想和建设有中国特色社会主义理论为指导，遵循宪法确定的基本原则，发展社会主义的教育事业。第三条还规定：教育活动必须符合国家和社会公共利益。《现代汉语词典》中 对“公益”的解释是：公共的利益。因此，《独立学院设置与管理办法》第三条提出的“独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业”中的“公益性”应理解为举办独立学院要符合《教育法》，贯彻教育方针，为国家培养人才；要具有“普惠性”，让社会公众普遍地感到自己从中受益，让大家都能感觉到很温暖。

根据财政部、教育部等有关文件精神，独立学院享受国家奖学金、国家励志奖学金、国家助学金。家庭特别困难的学生可以在本地民政部门开具“贫困证明”开学报道后交给所读院校申请“助学贷款”或在生源所在地申请国家助学贷款。学生毕业后在招聘录用、留学、考研、报考公务员考试、户籍管理，毕业生就业及其它方面待遇等均与其它全日制普通本科高校学生享受同样的政策待遇。

独立学院以实施本科学历教育为主，部分独立学院经过教育部审批可以招收专科专业，与其他普通本科高校具有平等的合法地位。

截至2024年6月20日，全国独立学院共154所；本名单未包含港澳台地区数据。