主建筑为三座大殿，分别为玉清殿、玉宝殿(又称玉皇殿)、三清殿，主殿为面廓五间的硬山式建筑，雕梁画栋，雄伟壮观。明居士徐从谨大修，在宫内栽柏树三百余株。

玉清宫内名碑众多，有邱处机手书《丹阳真人琴曲归山操》，示唐括夫人《满庭芳词》，谭真人手书《龟蛇》二字，王真人《蓬莱》，清状元曹鸿勋手书《重修玉清宫碑铭》(即四面碑)等。

1959年，玉清宫原址建为潍坊市聋哑学校。及至文革期间，宫内众碑除己迁到潍坊市博物馆的龟蛇碑外均毁于一旦。现仅三大殿中的前两殿，即玉清殿和玉宝殿。