1995年10月——1998年08月，贵州省委常委、贵阳市委书记；

1998年08月——1998年10月，贵州省委副书记、贵阳市委书记；

1998年10月——2001年07月，贵州省委副书记（其间：1998年09月——2001年07月，在中央党校函授学院省部级干部在职研究生班政治学专业学习）；

2001年07月——2002年10月，四川省委副书记；

2002年10月——2007年11月，福建省委副书记；

2007年11月——2007年12月，安徽省委副书记；

2007年12月——2008年01月，安徽省委副书记、副省长、代省长；

2008年01月——2011年12月，安徽省委副书记、省长；

2011年12月——2012年01月，甘肃省委书记；

2012年01月——2017年04月，甘肃省委书记、省人大常委会主任；

2017年04月——2017年09月，第十二届全国人民代表大会教育科学文化卫生委员会副主任委员。

第十六届、十七届中央候补委员，十八届中央委员；党的十五大、十六大、十七大、十八大代表；第十一届全国人大代表。

2017年7月11日，据中央纪委监察部网站消息：十二届全国人大教育科学文化卫生委员会副主任委员王三运涉嫌严重违纪，接受组织审查。

2017年9月1日，第十二届全国人民代表大会常务委员会第二十九次会议通过，由甘肃省选出的第十二届全国人民代表大会代表、全国人大教育科学文化卫生委员会副主任委员王三运，因涉嫌严重违纪，被责令辞去第十二届全国人民代表大会代表职务。2017年7月28日，甘肃省第十二届人大常委会第三十四次会议决定接受其辞职。

2017年9月1日，全国人民代表大会常务委员会发布公告，王三运的第十二届全国人民代表大会代表资格终止，其第十二届全国人民代表大会教育科学文化卫生委员会副主任委员职务也相应终止。

2017年9月22日，据中央纪委监察部网站消息：经中共中央批准，中共中央纪委对第十八届中央委员，全国人大教育科学文化卫生委员会原副主任委员、甘肃省委原书记王三运严重违纪问题进行了立案审查。

经查，王三运严重违反政治纪律和政治规矩，“四个意识”淡漠，对党中央重大决策部署消极应付、严重失职失责，丧失政治立场，妄议党中央大政方针，长期搞迷信活动；违反中央八项规定精神，违规出入私人会所；违反组织纪律，罔顾党的选人用人制度和组织原则，让存在违纪问题的干部挑选领导岗位，在干部选拔任用中为他人提供帮助并收受财物；违反廉洁纪律，收受礼品礼金。利用职务上的便利或影响为他人谋取利益并收受巨额财物，涉嫌受贿犯罪。

王三运身为中央委员，理想信念丧失，严重违反党的纪律，并涉嫌违法犯罪，且在党的十八大后仍不收敛、不收手，性质恶劣、情节严重，严重污染甘肃省政治生态，严重损害党的事业和形象，应予严肃处理。依据《中国共产党问责条例》《中国共产党纪律处分条例》等有关规定，经中央纪委常委会会议研究并报中央政治局会议审议，决定给予王三运开除党籍、开除公职处分；终止其党的十八大代表资格；收缴其违纪所得；将其涉嫌犯罪问题、线索及所涉款物移送司法机关依法处理。给予其开除党籍的处分，待召开中央委员会全体会议时予以追认。

2017年10月14日，中国共产党第十八届中央委员会第七次全体会议审议并通过了中共中央纪律检查委员会关于王三运严重违纪问题的审查报告，确认中央政治局之前作出的给予王三运开除党籍的处分。

2017年9月30日，最高人民检察院经审查决定，依法对十二届全国人大教育科学文化卫生委员会原副主任委员王三运以涉嫌受贿罪立案侦查并采取强制措施。

2018年8月，第十二届全国人大教育科学文化卫生委员会原副主任委员王三运涉嫌受贿一案，经最高人民检察院指定，由河南省郑州市人民检察院审查起诉。郑州市人民检察院已向郑州市中级人民法院提起公诉。

检察机关在审查起诉中分别依法告知了被告人享有的诉讼权利，讯问了被告人，听取了辩护人的意见，依法保障了被告人各项诉讼权利。检察机关起诉指控：王三运利用担任中共贵州省六盘水市委书记、贵州省委副书记、安徽省人民政府省长、甘肃省委书记等职务上的便利以及职权、地位形成的便利条件，为他人谋取利益，非法收受他人巨额财物，依法应当以受贿罪追究其刑事责任。

2018年10月11日，河南省郑州市中级人民法院一审公开开庭审理了全国人大教育科学文化卫生委员会原副主任委员王三运受贿一案。郑州市人民检察院派员出庭支持公诉，被告人王三运及其辩护人到庭参加诉讼。

河南省郑州市人民检察院起诉指控：1993年至2017年，被告人王三运利用担任中共贵州省六盘水市委书记、贵州省委副书记、安徽省人民政府省长及甘肃省委书记等职务上的便利，以及利用职权或者地位形成的便利条件，通过其他国家工作人员职务上的行为，为相关单位和个人在入股银行、工程承揽和职务晋升等事项上提供帮助，直接或通过特定关系人，非法收受上述单位和个人给予的财物，共计折合人民币6685万余元，依法应当以受贿罪追究其刑事责任。

庭审中，公诉机关出示了相关证据，被告人王三运及其辩护人进行了质证，控辩双方在法庭的主持下充分发表了意见，王三运还进行了最后陈述，并当庭表示认罪悔罪。

最后法庭宣布休庭，择期宣判。

2019年4月11日上午，河南省郑州市中级人民法院公开宣判全国人大教育科学文化卫生委员会原副主任委员王三运受贿案，对被告人王三运以受贿罪判处有期徒刑十二年，并处罚金人民币四百万元；对王三运受贿所得财物及其孳息予以追缴，上缴国库。

经审理查明：1993年至2017年，被告人王三运利用担任中共贵州省六盘水市委书记、中共贵州省委副书记、安徽省人民政府省长、中共甘肃省委书记等职务上的便利，以及利用担任中共福建省委副书记、安徽省人民政府省长、中共甘肃省委书记等职权或地位形成的便利条件，通过其他国家工作人员职务上的行为，为相关单位和个人在工程承揽、职务晋升等事项上提供帮助，直接或者通过其亲属等特定关系人，非法收受上述单位和个人给予的财物，共计折合人民币6685.66109万元。

郑州市中级人民法院认为，被告人王三运身为国家工作人员，利用职务上的便利，为他人谋取利益，并利用职权和地位形成的便利条件，通过其他国家工作人员职务上的行为，为他人谋取不正当利益，非法收受他人财物，数额特别巨大，其行为已构成受贿罪。鉴于王三运主动交代办案机关不掌握的受贿犯罪事实，系自首；提供侦破其他重大案件的线索，经查证属实，有重大立功表现；认罪悔罪，积极退赃，赃款赃物已全部追缴，依法可以从轻处罚。法庭遂作出上述判决。