鲁监国元年（1646年）六月，清军渡钱塘江，当江上师溃，众军皆遁，唯之仁一师坚守驻地。当见事不可为，乃率领部分兵员乘船数百艘，携带大批辎重由蛟门航海到舟山，打算同肃虏伯黄斌卿会师共举。没想到黄斌卿竟炮击王之仁，趁火打劫抢走王之仁的兵船。王之仁对黄斌卿的背信弃义痛恨不已，把家属九十三人的坐船凿沉，全部溺海而死，自己留下一条大船。竖立旗帜，直驶吴淞江口。当地清兵以为他是前来投降的明朝高官，不敢怠慢，立即转送南京。

王之仁见到清廷招抚江南大学士洪承畴时，慷慨陈词，说自己是“前朝大帅，国亡当死，恐葬于鲸鲵，身死不明，后世青史无所征信，故来投见，欲死于明处耳！”洪承畴一开始以己度人，还以为王之仁只是效法自己松山故智，作秀而已，于是以礼相待，婉言劝他剃发投降。王之仁断然拒绝，大骂洪承畴“反面事仇，先帝赠若官，立庙祠若、祭若，荫若子；若背义亡恩，操戈入室，平夷我陵寝，焚毁我宗庙，若通天之罪，过李陵、卫律远矣”。洪承畴又羞又愧，无地自容，下令将他杀害。