2018年11月，西藏自治区卫生健康委员会党组书记、副主任，第九届西藏自治区党委委员。

2020年7月29日，西藏自治区卫生健康委员会党组书记、副主任王云亭涉嫌严重违纪违法，接受自治区纪委监委纪律审查和监察调查。

2020年8月16日，中央纪委国家监委消息，西藏自治区卫健委召开党组（扩大）会议，通报自治区纪委监委对自治区卫健委党组书记、副主任王云亭涉嫌严重违纪违法问题进行纪律审查和监察调查的决定，要求全区卫生健康系统以王云亭案件为反面教材，举一反三全面梳理、深入查找系统各项工作存在的问题。

2021年4月，西藏自治区纪委监委对自治区卫生健康委员会原党组书记、副主任王云亭严重违纪违法问题进行了立案审查调查。

经查，王云亭丧失理想信念和党性原则，背离初心使命，规矩意识和纪律意识淡薄，与不法商人沆瀣一气，搞权钱交易，违规收受礼品，接受可能影响公正执行公务的宴请，借用管理服务对象车辆；违反议事规则决定干部职务调整，不按要求报告个人去向，在组织函询时不如实说明问题；利用职务上的便利，为他人在承揽工程项目、销售医疗设备等事项上提供帮助，收受巨额贿赂。

王云亭身为党员领导干部，严重违反中央八项规定精神，违反党的组织纪律、生活纪律，违反国家法律法规，构成职务违法并涉嫌受贿犯罪，且在党的十八大后不收敛、不收手，应予严肃处理。依据《中国共产党纪律处分条例》《中华人民共和国监察法》等有关规定，经自治区纪委常委会会议研究，报自治区党委同意，并经中央纪委报中共中央批准，决定由自治区纪委给予王云亭开除党籍处分；由自治区监委给予其开除公职处分；收缴其违纪违法所得；将其涉嫌犯罪问题移送检察机关依法审查起诉，所涉财物随案移送。

2021年4月21日，据清风北京消息，林芝市中级人民法院公开开庭审理西藏自治区卫生健康委员会原党组书记、副主任王云亭受贿一案。林芝市人民检察院派员出庭支持公诉，被告人王云亭及其辩护人到庭参加诉讼。

林芝市人民检察院起诉指控：2016年至2019年，被告人王云亭在担任西藏自治区卫生和计划生育委员会党组副书记、主任，西藏自治区卫生健康委员会党组书记、副主任期间，利用职务便利，在承揽项目方面为他人谋取利益，收受钱款人民币2100余万元。

庭审中，法庭主持双方举证、质证、认证，控辩双方充分发表意见。被告人王云亭作最后陈述，并自愿认罪认罚。

人大代表、政协委员、党政机关领导及各界群众130余人旁听了庭审。庭审结束后，本案将择期宣判。