历任宁波市卫生防疫站环境卫生监督所副所长，宁波市北仑区卫生防疫站副站长（挂职锻炼），宁波市卫生防疫站副站长、站长，宁波市疾病预防控制中心主任，宁波市卫生局党委委员、副局长，宁波市人民政府副秘书长、办公厅党组成员，宁波市卫生局党委书记、局长，宁波市卫生和计划生育委员会党委书记、主任等职务。

2017年4月，任宁波市人民政府办公厅主任。

曾任浙江省宁波市人民政府副秘书长、办公厅主任、办公厅党组副书记、市政府研究室主任（兼）。

2022年1月，任浙江省卫生健康委员会主任、浙江省中医药管理局局长（兼）。

2023年3月31日，浙江省十四届人大常委会第二次会议通过，决定：王仁元任浙江省卫生健康委员会主任。