1937年7月，抗日战争全面爆发，国共合作抗日民族统一战线形成。1932年秋被国民党逮捕的中共永城县委委员刘屏江在开封被释放出狱，而后他和中共苏鲁豫皖特委书记郭子化接上了组织关系。刘屏江返回永城，找到土地革命战争时期脱党的中共党员王卓然、陈建平、王更生、盛税堂等，于11月的一天在县城东关王卓然家召开秘密会议，成立了中共永城县工作委员会。刘任书记，王卓然任宣传委员。会后根据委员分工，王卓然到永城县五区、六区登记并考查早期的中共党员，准备恢复组织。

中共永城工委成立后，认真贯彻执行中共中央的抗日民族统一战线政策，由王卓然和陈建平具体负责争取国民党永城县县长鲁雨亭合作抗日。统战工作做得非常成功，1937年11月底，永城县民众抗日动员委员会宣告成立，县长鲁雨亭兼主任，王卓然以进步人士身份被推选为动委会常委。

为了适应抗日形势的需要，培养抗日骨干力量，中共永城工委决定开办永城县抗日救亡青年训练班。王卓然在征得县长鲁雨亭同意后，即以县动委会的名义，以永城中学学生为基础于1938年1月在永城中开办了青训班，王卓然担任青训班副主任作实际工作。

抗日青训班连续举办两期，为抗战培养六七百名骨干。第一期毕业500人，各回当地宣传抗日救亡；第二期毕业200人，于3月上旬组成五个工作团，分赴全县五个区开展抗日救亡工作。王卓然带领工作团到第五区，采取讲演、演剧、唱歌曲等形式，利用一切场合宣传抗日救亡，宣传“国家兴亡，匹夫有责”的爱国道理；组织抗日联庄会，还以国民党第五战区司令长官李宗仁“改革时弊，严惩贪污”的七条禁令，发动群众检举地方恶霸，对问题严重的保长，召开群众大会撤换，由工作团团员接任。在一个多月的时间内，五区近百名保长撤换了70多个，打击了顽固恶霸势力，抗日救亡运动蓬勃发展。

正当抗日救亡工作顺利开展之际，国民党永城县党部书记长赵铁卿和地方恶霸王鸣岐、侯海若等勾结起来，上告县动委会在永城搞“赤化运动”。为此，国民党河南省党部责令永城县长鲁雨亭“克日解散工作团”。面对国民党顽固势力的反扑，王卓然等中共党员毫不退让，他向县长鲁雨亭建议：“组织请愿团向徐州第五战区总动委会请愿。”因为当时永城在行政上隶属河南省，军事上却隶属徐州第五战区。得到鲁雨亭支持后，王卓然、陈建平等带领100余人的请愿团步行两天来到徐州，李宗仁委派他的秘书长刘汉川接见了“请愿团”，高度评价了永城的抗日救亡工作。并说：“李司令长官支持你们！”他又亲手把李宗仁给鲁雨亭的复函交给陈建平。请愿团于第四天凯旋而归。

徐州请愿胜利后，永城县抗日救亡工作团名声大振。县长鲁雨亭遵照李宗仁的函示，任命五个工作团的团长为五个区的区长，委任工作团成员接任联保主任、联保书记和中心小学的校长。原来的区长、联保主任等多数不愿交印退出历史舞台。鲁雨亭接受王卓然等的建议：宣布区乡联保的旧印鉴一律作废，工作团带新刻印鉴走马上任。就这样国民党右派及其顽固势力破坏抗战的反动嚣张气焰被打了下去，全县的抗日救亡运动又重新轰轰烈烈开展起来。

1938年5月12日，日本侵略军侵占了永城。

王卓然全家随逃亡群众出城。他在农村隐蔽两天，时刻心急如焚。他目睹永城人民被烧杀抢掠失声痛哭：自己身为一名中共党员，难道能束手无策吗？于是他冒着生命危险趁深夜来到东关，当看到自家和邻舍的惨景，他愤怒了。于是他日夜兼程跑到县西北找到蒋汉卿、霍大儒等；在县西找到丁希凌；在县东北找到盛税堂、李品立；在县南找到高继英等抗日工作团骨干，成立了五个抗日救亡学生队，永城的抗日斗争先后在农村秘密开展起来。

1938年9月，原国民党永城县县长鲁雨亭自豫南返回永城在芒砀山组建抗日游击队，王卓然被委任为游击队政治处主任。他帮助鲁雨亭做政治工作，很快与共产党领导的肖县抗日武装取得了联系，并于次年八月促使鲁雨亭率近千人武装归编了新四军，成为一支抗日劲旅。

1938年10月，中共中央派寿松涛等13名抗大总校的学员由延安来到豫东永城县城西龙岗集，在国民党河南省第二专员公署第三总队总队长兼永城县县长蔡洪范部做统战工作。寿松涛等在蔡部开办了永城县抗日干部训练班，王卓然闻讯先后把学生队蒋汉卿、霍大儒、丁永年、朱松岭等40余人介绍到干训班学习，其中多数人被发展为中共党员，以后不少人成为中共党政军高级干部。

1939年1月，彭雪枫率新四军游击支队挺进永城抗日，王卓然等促使全县五支抗日学生队合并为永城县抗日学生大队，不久又升编为新四军主力部队。

1939年11月，中共中央中原局书记刘少奇来豫皖苏边区视察，指示彭雪枫等同志要“努力创造永城、夏邑、肖县、宿县四县抗日根据地，加强地方工作，健全省委，发展地方党”。边区政府因此派出得力干部到四县开展工作，力争把永城等县建成模范县。王卓然这时被调任永城县抗日民主政府教育科科长。他到任后立即着手恢复沦陷后停办的农村小学，改革私塾，动员塾师改教课本，鼓励地方绅士集资办学，除县城和少数孤立据点被日伪占领外，至1940年底全县农村恢复和新建小学近百处，在校学生达5000余人。

1941年春国民党顽固派向豫皖苏边区大举进攻，5月新四军第四师奉命转移至津浦路东。转移前，中共豫皖苏边区党委书记吴芝圃在永城南姜庄与王卓然谈话：“你在永城比较熟，组织上研究让你作为特殊党员留下来，利用个人关系隐蔽活动，直接到津浦路东联系，不得发生横的关系。”

王卓然被留下后，他把爱人从城内接到城东南15华里的小赵楼安家。他以种瓜果为掩护经常到铁佛寺、二十里铺、演集等地搜集日伪情报，曾先后两次翻越津浦路向中共地下宿东地委汇报。1943年春，王卓然通过友人的帮助被聘到县城东北日伪开办的演集中学任教。他在课内课外经常进行爱国反日宣传，团结了一部分进步师生。一次他给学生命题《我的志愿》作文，启发思路时讲：“今日之中国，狼烟四起，日本鬼子到处烧杀淫掠，汉奸卖国求荣，国民党不战而逃，只有共产党能够救中国。常言道‘国家兴亡，匹夫有责。’立志救国，才是中国青年的惟一志向……”不料日伪安插在学校的奸细在教室外听到了这段话，即向日伪告密。傍晚，伪县保安大队300余人将学校包围。沉着机智的王卓然，趁着倾向中共的校长与伪大队长周旋之际，越过两道墙，星夜逃离学校。

1944年秋，彭雪枫亲率新四军第四师打回津浦路西，收复了豫皖苏边区。同年11月，淮北第二专员公署成立，王卓然调任专署教育科科长。为了培养革命干部，二专署于1945年春创办了建设中学，专员彭笑千兼校长，王卓然兼副校长，两期共培养学生1000余人。

1945年8月28日，永城县城解放。因王卓然原来家居县城，人士关系等方面很熟，他奉调任以县城为中心的中共城厢区区委书记兼区长。待城市社会秩序各方面恢复正常后，此时淮北二专署改名为华中八专署，他又被提升为八专署教育科长。

在长期的革命斗争中，王卓然积劳成疾，患风湿性全身关节炎，突又增加腰部长漏疮，终于病倒。1946年3月，八专署派员护送他到上海瑞金医院治疗，两个月不见效果，加之国民党查禁甚严，他只好返回永城东关家中休养。

1946年夏，国民党新五军疯狂进攻豫东解放区，8月19日，国民党军队占领永城县城。不久华中八专署奉命西撤至睢(县)杞(县)太(康)地区。王卓然被中共八地委安排到永城县南李寨西小王庄隐蔽治病，不料同年12月被国民党永城县的密探发现被捕，当夜押送到县城临时监狱。

第二天，国民党县特工科长练文姬出面对王卓然严刑拷打，逼他供出中共地下党组织，他咬紧牙关未吐一字，最后练文姬令人用竹签捣他的腰疮，他痛得死去活来仍是一句话：“不知道！”

过了五六天，王卓然刚苏醒过来能说话，国民党五十八师新十旅政治部主任刘福贞改换一种面孔，把他“请”到一间密室，满脸堆笑站起来打躬说：“王先生，请，敝人代表肖本源旅长前来探望。请坐。”

王卓然一眼就识破了来人的阴谋，连椅子都不坐，斩钉截铁地说：“我王卓然一是死在你们手里，一是活着跟你们斗到底，除此没有什么考虑！”

刘福贞听了仍不死心，还是毕恭毕敬地说：“王先生，你是有知识的人，肖旅长说了，只要王先生声明今后不再参加共产党的活动，说出你们党的地下组织，不但可以免受重刑而且可以重用。”

“要我王卓然低头招供那是妄想，要杀便杀，请回去复命吧！”刘福贞听了只好灰溜溜地走出监狱。

国民党五十八师新十旅旅长肖本源这一招未达到目的，又使一招“企图放长线钓大鱼”，将他放回东关家中，派特务暗探严加监视，专盯中共派人来探视卧床不起的共党要员王卓然。此时的他已被摧残得脸色青黄，骨瘦如柴，“腰漏”更加严重，扶墙拄杖皆不能走路。

经过家庭和邻里的细心照料，王卓然的病情稍有缓解。可是国民党永城县当局仍不死心，1947年4月中旬的一天，国民党县党部秘书尹公权带着特殊使命“登门造访”。尹系王卓然的老同乡、老同学，又同为永城早期中共党员，后来形势紧张尹投靠国民党叛变。

对于尹公权的来意王卓然心明如镜，连坐也不让，大声质问：“尹公权，你来干什么？”

“老同学，对于你现在的处境，我是一字不知啊！只要你能声明，过去是误入歧途，今后不再干共产党，为兄不避嫌疑，可以出面保你无事。”尹公权装作毕恭毕敬地说。

王卓然早已气得满脸通红，勉强从床上坐起来，指着尹公权的鼻子说：“你为了保存自己的狗命，当了可耻的叛徒。如今又来劝降，瞎了你的狗眼！你给我滚出去！”尹公权诺诺连声退了出去。

国民党永城县当局拿王卓然没有办法，加之解放军豫皖苏军区于1947年1月从睢杞太地区打回永城，至同年八月永城农村几乎全部解放，国民党仅在一座孤城死守着。他们决定对王卓然实施最后一手。一天，负责监视他的军统特务刑达仁来到住室逼供：“王卓然，你在永城这几个县名声很大，我愿跟你交个朋友，只要你能在我们《永报》上发表悔过书，刑某保你在我们这边原官原职。”

“呸！我与你们不共戴天，要我王卓然低头，永远办不到！”

刑达仁听了“嘿嘿”连笑，忙从皮夹里拿出一张印好的《自首书》说：“这自首书我们已代你写好了，过几天就贴出去，共党还会要你吗？”

王卓然面对奸诈的狗特务怒不可遏，他厉声喝斥：“卑鄙无耻！我王卓然光明磊落，你们伪造事实的阴谋绝不会得逞！”

刑达仁恼羞成怒：“那咱们就等着瞧吧！”

1947年9月5日下午约3时，永城老城大街上三步一岗，五步一哨戒备森严，国民党永城县派刽子手把王卓然拖上独轮小木车，推到沱河南岸岳山脚下。刑场四周，重兵把守。王卓然从独轮车上奋力跳下站起来，高呼：“中国共产党万岁！”

刽子手被王卓然的凛然正气所威慑，急忙射出了罪恶的子弹。王卓然壮烈地牺牲了，时年仅41岁。

就是因为国民党永城县当局伪造的那份王卓然“自首书”贴遍了城乡，新中国成立初期，永城进行革命烈士普查登记时，没有认定王卓然为革命烈士。对此，全国各地不少永城籍的老干部不断提出异议。1984年5月上旬，中共永城县委在永城召开老干部党史座谈会，原中国人民解放军总医院政委蒋汉卿、原中国人民解放军装备研究院副院长霍大儒、原安徽省林业厅厅长丁明道等当年王卓然的学生20多人，联合写出要求给王卓然追烈的请示报告。经永城县委党史办公室会同县民政局组成联合调查组，通过内查外调，写出调查报告上报。1985年5月7日河南省人民政府核准追认王卓然为革命烈士。