王卓钧籍贯山东省济南市，毕业于“中央警官大学”正科四十期，获有台北大学犯罪学研究所硕士学位。

王卓钧出身警察世家，父亲王鲁翘也当过台北市警察局长。王卓钧曾任南投县警察局局长、刑事警察局副局长、台中市警察局长等，曾是最年轻的台北市警察局长，有“警界儒将”美号。

1982年，他担任刑事警察局组长。1984年，任台中市警察局分局长。1987年，任刑事警察局侦一队队长。1988年，任台北市警察局景美分局局长。1989年，任台北市中山分局局长。1992年，任南投县警察局局长。1993年，任警政署经济组组长。1994年，任刑事警察局副局长。1996年，任台中市警察局局长。2000年，任台北市警察局局长。2008年6月20日，王卓钧升任警政署长。