王吉贞的父亲为陕西平凉提督王辅臣。吴三桂反清期间，王吉贞曾力劝其父讨伐吴三桂。

康熙平定三藩后，将王辅臣逼死，因王吉贞曾劝其父尽忠职守，故此仅将此革职，然康熙始终猜忌王吉贞，故而后又令人将其逮捕，秘密处死。