1986年，王君正执导了首部女性题材电影《山林中头一个女人》，该片由李秀明、李纬等共同主演。以苍劲凝重的风格使电影界为之震惊，她在该片中一改往日风格，追求一种博大，粗砺的美，在“粗砺中透出凝重”。

1988年，执导由李雪健、乔奇等共同主演的悬疑、侦探、动作题材影片《大侦探》。1989年，执导由胡亚捷、刘斌合作主演的剧情剧《黑眼睛太阳神》，该剧是为纪念大庆油田建立30周年而编写。1991年，执导由潘虹、丁嘉丽共同主演的剧情电影《女人·TAXI·女人》，该片以两位不同阶层的现代女性在偶遇相识后发生的生活故事，来反应社会的扭曲以及人与人之间的温情；同年，执导颜彼得、 雷恪生、李雪主演的剧情电影《神器》。

1992年，执导由张丰毅、赵君、王艳平联袂主演的剧情电影《私人保镖》；同年，执导儿童电影《天堂回信》，影片透过儿童的眼光，儿童的心灵来观察世界，感受世界，用儿童的稚幼方式来表达人与人之间的亲情与真情，该片获得第43届柏林国际电影节国际青少年儿童影视中心奖、美国第10届芝加哥儿童节最佳故事片奖、伊朗第25届伊斯法罕儿童电影节最佳导演金蝴蝶奖、荷兰第7届儿童电影节最佳影片大奖。

1993年，搭档李小婉共同执导的戏曲传记剧《猴娃》播出，本片荣获第14届“飞天奖”及第12届“金鹰奖”最佳儿童连续剧奖。2000年，执导由叶静、剧雪搭档主演的剧情电影《爱上新世纪》；同年，搭档黄正杰共同执导张喜前、苗皓主演的剧情电影《还让四平当村长》上映。

2001年，执导由强子、赵越、姚洋联合主演的电视电影《男人四十》。2002年，由其执导的家庭儿童电影《你生命中那时光》上映，王君正以细腻的笔触描绘了成长的喜悦与困惑，再次展现了他驾驭多元题材的能力。

2024年8月28日12时33分，原北京电影制片厂一级导演、曾任中国儿童少年电影学会会长、中国第四代导演代表之一、中国电影家协会会员、中国电影导演协会会员王君正导演突发疾病在北京逝世。遵照遗愿不举办追悼会，不举办任何活动。

王君正作为女性导演，75岁高龄的时候她仍选择独身生活，导演在访谈录中谈到自己对男性有一种不可消泯的抗拒性，但她很是喜欢小孩，向往儿童身上那种纯真美好的东西。

1984年开始，王君正连续举办三届中国国际儿童电影展。

1986年5月5日，王君正参加在北京召开“中国新时期女导演创作回顾研讨会”，这是第一次女导演作品研讨会。

王君正执导的三部儿童电影《苗苗》、《应声阿哥》和《天堂回信》，在新时期儿童电影创作中占有各自的位置，并且带有风格形成过程中渐变的印记。其中也存在着某种主题和风格上独特的连续性，似乎不是独立的三部影片，而是超越时空的距离，遥相呼应。然而，对于王君正而言，她最感兴趣、最关注的那一点，或者说是能够传达个性的细微特点和印记的语言，在其创作初期就已经体现出来了。朴素平静而温馨的影像背后是导演王君正那永不倦怠的天真、纯净的心。她用心去追寻、观察、体验儿童世界，为孩子们献上一个真正属于自己的美好世界（《电影艺术》评）。

对王君正自己来说，《应声阿哥》和《山林中头一个女人》之间停顿几年，却是有难言的苦衷。因为她主张一个电影导演，应当尽可能地多拍片，多实践，不要在犹豫和等待中荒废精力。比如她拍完《山林中头一个女人》后，紧接着投入第四部片子《大侦探》上、下集的拍摄。积极去干，比什么都好。这是她一贯的信条和风格。因此，不是迫不得已，她是不可能停滞不前的。（《当代电影 》 评）