三十四年三至五月，伯希和踵至，以白银五百两骗买写本、印本、经卷、文书、佛画等六 千卷，并拍摄莫高窟照片三百七十六帧。

宣统二年（1910） 清廷学部获悉敦煌石室文物流散消息后，电令甘肃藩司将剩余经卷运京保管、王道士又私藏若干。同年前后，于数十洞窟凿通道，使各洞相通连，大量壁画遭破坏。修“古汉桥”，以便利朝山拜佛者上下。又搬出各窟残塑，造“千相塔”瘗之，有廷栋撰文并书丹之《敦煌千佛洞千相塔》碑记其事。

民国元年（1912）十月，日本吉川小一郎等至莫高窟， 用白银三百五十两骗买写经四百余卷。

1914年，斯坦因又来莫高窟，用银五百两骗买经卷五百七十余件。（王道士）曾拟重修第96窟大佛殿九层楼，事未竟。同年七月卅日，殁后即葬于莫高窟庙前大泉河东岸。

敦煌文物的流失不应该把责任归因于任何个人，那是历史对整个中国的嘲讽。

我们不能以一个完人的标准去审视王圆箓，他在那个时代其实真的很平凡。或许只有把他放在当时的历史情境中去理解，才能得出客观公正的评价。后来，其徒子徒孙赵玉明、方至福就其墓起塔立碑，其碑不著撰人，木质、阴刻，今仍嵌于原塔南侧龛内。

藏经洞发现之后，王道士尽了最大的努力，做了他应该做的一切。

首先，徒步行走50里，赶往县城去找敦煌县令严泽，并奉送了取自于藏经洞的两卷经文。王道士的目的很明确，就是为了引起这位官老爷的重视。可惜的是这位姓严的知县不学无术，只不过把这两卷经文视作两张发黄的废纸而已。

1902年，敦煌又来了一位新知县汪宗翰。汪知县是位进士，对金石学也很有研究。王道士向汪知县报告了藏经洞的情况。汪知县当即带了一批人马，亲去莫高窟察看，并顺手拣得几卷经文带走。留下一句话，让王道士就地保存，看好藏经洞。

两次找知县没有结果，王圆箓仍不甘心。于是，他又从藏经洞中挑拣了两箱经卷，赶着毛驴奔赴肃州（酒泉）。他风餐露宿，单枪匹马，冒着狼吃匪抢的危险，行程800多里，才到达目的地，找到了时任安肃兵备道的道台廷栋。这位廷栋大人浏览了一番，最后得出结论：经卷上的字不如他的书法好，就此了事。

几年过去了，时任甘肃学政的金石学家叶昌炽知道了藏经洞的事，对此很感兴趣，并通过汪知县索取了部分古物，遗憾的是，他没有下决心对藏经洞采取有效的保护措施。

直到1904年，省府才下令敦煌检点经卷就地保存。这一决定和汪知县当初的说法一样，都是把责任一推了之。王圆箓无法可想，又斗胆给清宫的老佛爷写了秘报信。然而，大清王朝正在风雨飘摇之际，深居清宫的官员哪望能顾得上这等“小事”。王圆箓的企盼如泥牛入海，杳无音信。

1907年，斯坦因到来，他通过宗教精神的交流将王道士俘虏了。斯坦因说：“道士之敬奉玄奘，在石窟寺对面新建凉廊上的绘画有显明的证据，所画的都是一些很荒唐的传说……我用我那很有限的中国话向王道士述说我自己之崇奉玄奘，以及我如何循着他的足迹，从印度横越峻岭荒漠，以至于此的经过，他显然是为我所感动了。”

当时王道士把经卷卖给斯坦因有三方面的原因：一是在长达7年的时间里，他多次求助官方予以重视，而且是逐级上报，但无人过问，致使他灰了心。二是为了完成他的宏愿，清扫洞窟，修建三层楼，架设木桥。三是唐玄奘沟通了他们的思想，斯坦因这个探险家追求事业的精神感动了他。因此他虽则思想极为矛盾，极不愿意外国人将这些文物带走，但在无奈的情况下，也只好让了步。

当斯坦因把敦煌文物宣传于全世界之时，当朝命官这才懂得了其重要价值，但他们不是考虑如何地保护它，而是千万百计窃为己有。因此，一时间偷窃成风，敦煌卷子流失严重，这是敦煌卷子自发现以后最大的劫难，后来连醉心于壁画的张大千也加入了破坏的行列。

1910年清政府作出决定，把剩余的敦煌卷子全部运往北京保存。在运送的路途中，几乎每到一处都失窃一部分。

大量经卷的散失，曾经使王圆箓感到非常痛心，因为藏经洞是他发现的，多年来在他保管期间从未发生过无故大量散失的事，官方如此掠夺，又如此贪心，使他感到极大的愤慨。所以，当1914年斯坦因第二次到莫高窟后，王圆箓对他说了一段令人深思的话，《斯坦因西域考古记》是这样记述的：“说到官府搬运他所钟爱的中文卷子致受损伤，他表示后悔当时没有勇气和胆识，听从蒋师爷的话，受了我那一笔大款子，将整个藏书全让给我。受了这次官府的骚扰之后，他怕极了，于是，将他所视为特别有价值的中文写本另外藏在一所安全的地方。”敦煌千古事，苦乐谁心知。

敦煌文物的流失不应该把责任归因于任何个人，那是历史对整个清朝的嘲讽。

余秋雨在《文化苦旅》中认为王圆箓对敦煌莫高窟文物的破坏是毁灭性的，并就此感到伤痛。

斯坦因《西域考古图记》中说：“他将全部的心智都投入到这个已经倾颓的庙宇的修复工程中，力图使它恢复他心目中这个大殿的辉煌……他将全部募捐所得全都用在了修缮庙宇之上，个人从未花费过这里面的一分一银。”

根据相关史料记载（《西域考古图记》等），当时西方人来到中国带走文物的时候，是持有当地官方开据的许可证的，并且一路受到了官兵的保护，王圆箓本身并没有能力拒绝他们。

胡适曾在演讲中提到王道士时说，王道士一开始并不知道经卷的价值，最初以经卷能够治病为由向附近居民售卖，把经卷烧成灰烬和水让人吞服。这里的说法与之后王道士低价卖出经卷给斯坦因可以衔接，说明王道士一开始对文物价值一无所知。