1934年，出任全国蒙藏委员会委员兼蒙藏佛学教授，同年参加国民党。

1935年，任全国蒙藏委员会专员。此间他编写“佛学讲义大纲”，先后在上海、南京、云南、贵州、西藏、广西等地传教。

1937年，抗日战争全面爆发后，他随国民党中央政府迁往重庆任专员兼重庆大学教授。不久，被派往西藏研究藏族文化。同时他还任滇黔桂三省视察员。回重庆后任蒙藏委员会编辑处主任兼重庆大学教授。在重庆工作期间，参加了中国共产党召开的进步人士座谈会，受到周恩来的接见。会后，周恩来还拜访了他，征求蒙藏群众的意见。

1945年，抗日战争胜利后，任国民党中央监察委员会秘书处干事、总干事科长、专员、审查处长、行政院蒙藏委员会专员等职。

1946年，辞去国民党政府一切职务，到云南大学任教授，同时，在莲花祯社任佛学法师，先后到昆明、南京、上海讲传佛教。

1950年，返回故乡闲居。

1954年，屯昌县人民政府将他调进县政府当民主人士照顾休养。

1957年，调任广东省海南行政区第二届政协委员，同年分配到广东省人民政府参事室工作，后因病被安排在海口五公祠当文史研究员和广东省文史研究员。

1959年病逝，享年64岁。王家齐追悼会由中共广东省海南行政区委员会统战部在海口剧院举行，参加追悼的有海口各界政协委员、五公祠全体人员及其亲属100多人，中共海南行政区委副书记林树兰致悼词，海口琼剧团乐队护灵车回故乡新兴镇南福村安葬。

王家齐一生潜心佛教，乐善好施，不忍杀生，热心教育事业。1932年，他利用回乡探亲的机会，为乡邻群众权衡利害得失，及时化解乡民持械寻仇的矛盾冲突。他更是致力于教育事业，大学毕业后曾在海南当地先后任小学、中学教师，创办出版进步刊物，宣传文化启蒙群众。从政以后，他在潜心佛学研究的同时，还着力于增进蒙藏文化沟通交流，繁荣民族传统文化。而据其后人和同乡回忆，他与家人过着极为清贫的生活，却多次捐赠自己有限的薪金，用于资助贫困学子，扶持教育事业。

今有王家齐故居。