1899年4月10日，王有琪出生于江苏省六合县一个杂粮小商贩的家庭，家里贫苦，他十一二岁就开始帮助家里，一大早出发背米，要到下午才回家。王有琪自幼勤奋好学，成绩优异，考入在南京的江苏省立第四师范学校，1922年毕业后，到家乡当了一名小学老师。早在师范学校学习期间，他就对动物学产生了很浓厚的兴趣，担任小学老师的四年中，仍然坚持业余自学，终考入南京东南大学理学院动物系，1930年毕业后，经院长兼动物系主任蔡堡教授推荐，在国立中央大学医学院（1932年独立为国立上海医学院）解剖科任教。

20世纪50年代初，上海医学院成立组织胚胎学教研室，王有琪任教研室主任，又发动全室同志白手起家，建立切片室，广泛收集不同发育时期的正常与畸形胚胎标本共400多具，制作不同规格的示教切片和早期人胚和牛、羊、猪胚的连续切片，供教师、研究生与进修教师参考应用，布置胚胎标本陈列室。该陈列室标本齐全，保存完好，非常珍贵，得到国内医学院校同行的称赞，对教学和科研发挥了很大的作用。