会高拱以政府摄铨衡，任意予夺，王本固鄕纍息下之，屡以不合故，竟迁南京吏部尙书，时当大察，京官有为张居正忌者，一给事中、一御史遗书欲俱罢其官竟不允，始末历二柄臣，毫不少挫，持正不阿盖如此。万历元年以二品考绩还移，疏乞休，准调理疾愈。以张居正憾，故家居不起，谢人事，阅医药，周贫恤族外，无他羡焉。迨江陵殁，屡被荐举，起用漠如也。年七十卒。万历十三年四月，神宗钦赐祭葬如例。

王本固老成持重，不轻言笑，为官清廉耿直。明人过庭训曾经评论他说：“历事三朝，伟节丰功，昭人耳目。”

万斯同曾经评论他说：“本固强毅有为，三历柄臣不少挫，时服其鲠。”

追罪杀汪直

关於杀汪直一事，《国榷》所在如下：

（嘉靖三十六年十一月乙卯）督浙直福建右都御史胡宗宪报擒海盗王直（一名汪直）。前蒋洲、陈可愿说直，直闻母妻亡恙，留洲为质，令党叶宗满、王汝贤、王滶同可愿报谢，宗宪待之如故交，时时对将吏曰：直非寇计，无聊耳，见我必且得释，直闻移泊岑港，请开市。宗宪大集兵伏数匝，而身同滶起居，露诸将请战书于几上，滶窃视之，宗宪佯醉梦中语曰：“吾欲活若故禁不进兵，而若何愚也“。滶漏于直，又使其子澄刺指血柬直，而令谍说直曰“若且降以为都督，置司海上通互市，直亦誓自效还。”蒋洲因请王滶摄营兵，乃诣幕府宗宪遣之。直未至，巡按御史周斯盛罪洲妄逮之，洲对必风阻耳已舣定海誓众曰：“宜谨备俞大猷。”宗宪乃调大猷金山易以总兵卢镗，镗故与毛烈善，直求见，蒋洲方下狱以指挥夏正往，直同宗满、王清溪入见，宗宪慰籍之，下按察司狱，奏僇直等正法，或贷死戍海上，系远人心，俾经营自赎。巡按浙江御史王本固力以为不可，江南人多言宗宪入其货，为贷死，宗宪惧追所奏，尽易其词谓，直罪不赦，惟上命而本固复责宗宪擒王滶谢和，于是诏宗宪勦灭，宗宪会师守倭舟倭怨我移舟山据之，宗宪仍好言豢盗。

触犯士大夫阶层利益的汪直必死。然而，汪直在时尚能统御群倭；汪直死後，倭寇大举报复，加之失去统御，造成两浙等地大乱十年。王本固过度的是非分明，不了解胡宗宪的一番苦心亦不理解治水宜疏不宜堵的逻辑，执意杀了汪直，却没有能结果倭寇问题。

王本固与小黄河的传说

万历年，邢台遇大水，府城顺德附近，成了一片泽国。王本固知道后，当即上书神宗皇帝，建议调集民众火速治理。皇帝误把王本固奏折中的“黄水”二字看成“黄河”，即刻责成工部、户部筹集费用，组织人员治水。于是，邢台城西，西起谷家洼（大石头村西北八里），东接牛尾河的一段人工河道----“小黄河”迅速挖成。

这项工程竣工后，王本固受到工部的弹劾，说他治水没到黄河，而是在自己家乡邢台。本固若道破皇上看错奏折，就要触怒圣上，犯大不敬之罪。于是他顺水推舟，说邢台那条河是小黄河。王本固德高望重，历事嘉靖、隆庆、万历三朝，因此神宗皇帝也就对他免于追究。从此，邢台“小黄河”的名称也就流传下来了。它仍是市区排涝的主要渠道。这则传说只是后人附会的，并非历史真实。