1852年，太平军事起，王柏心以“维护孔教”为名，办地方团练，企图对抗太平军。是年冬，太平军攻克岳州，拥船东下，至监利县杨林山，分兵驻扎螺山，下令捉拿王柏心。王携母逃匿湖南山中，在悠静的环境中，闭门谢客，潜心写作，著有《漆室呤》。时曾国藩率领湘军舟师出洞庭，进攻岳州。与太平军大战于螺山江中，义军大败，曾国藩从岳州出发，占驻螺山，即召见王柏心。曾对王的诗稿甚为赞赏，常褒扬于左右。自此，王柏心遂与湘军将领胡林翼、左宗棠、李孟群等人相识交挚。

1855年胡林翼署湖北巡抚，王柏心上书，要求更除漕弊。书中以监利为例，称：“漕粮既折米，又折银，又是抽丰，又是券文，每担粮减价定为六串文，不准随意折算和加派。”

1862年，清廷下诏求言。王柏心撰写“信臣篇、明是篇、谋备篇、辩言篇、正庾篇、疑信篇、择吏篇、导俗篇、广议篇”等经论10篇，作进谏之言；又拟“广师儒、屏嗜欲、搏咨访、开特科、下金陵、备秦晋、择外吏、宽榷算”奏章 8条，托云贵总督张亮基代陈。论奏均为慈禧太后所赏识，传旨将经论10篇存弘德殿，将奏章 8条中的“开特科”和“宽榷算”交部议奏，其余留中备览。此时，王柏心深究经学的声誉远近闻名。安徽巡抚李孟群荐王柏心，他以母老坚辞不出。随后署理湖巡抚严树森以经筵讲官荐用。为同治皇帝讲授经学之师，他仍以母年迈90余为由，固辞不受，终未赴任。

1866年末，左宗棠奉命前往陕甘两省，平定当地动乱（主要是镇压西捻军和当地的回民起义军），途中暂时逗留于武昌。王柏心壮年时曾游历秦陇，“略习其山川风气”，这时便致信左宗棠，指出“为秦事不独在猛战，而在方略处置为远大之谋”。王柏心建议：“勿求速战，勿遽促战。必食足兵精，始可进讨。”在用兵时要有节制，只能“视彼中尤骁黠者诸剪之”，对于剩下的人“既不能尽诛”，便要“俟其畏服请抚”，至于招抚后则可择地安置，“听立回村，勿与汉族杂处”；还可以“简彼族良善者，使自相什伍，加之约束，无复阑出滋扰”。王柏心认为：“如此可保百年无事。”王柏心的这些见解，对左宗棠用兵陕甘产生了重要影响。1867年3月，左宗棠从武昌动身前往黄陂，王柏心又前往黄陂与他长谈。左宗棠后来说，此后“三道进兵，坚持缓进急战之议，亦王柏心有以启之”。

1873年，王柏心病卒于家。1878年，左宗棠收复除伊犁地区外的新疆全境，封二等恪靖侯，闻知柏心病殁，上疏奏称：“王柏心学识过人，熟悉山川形势，请将事迹宣会史馆，载入史册。”朝廷为示优待，下诏敕可。

王柏心在“荆南学院”主讲二十余年，并长期从事著述，硕果累累，业绩丰厚。《续修四库全书提要》中谓：“柏心蓄道德，能文章，三楚人士类能言之”。他谦让不以学骄人，大江南北的学者名人赴院受业求教者络绎不绝。其主要著述有《导江三议》 1卷、《百柱棠集》53卷、《螺州文集》20卷。他不仅擅长经文，对于诗词也很有研究。小时诗宗李杜，继乃探源汉魏。认为“汉、魏、唐、宋、明之诗各有从入之途”。“汉魏从兴入，故离中往复，其旨最远；唐人从声入，故抗坠疾徐，其调最永；宋人从理入，故切近详密，其趣日新；明人从格入，故府仰与趋，其变易穷”。他著有《子寿诗抄》1卷、《百柱堂诗抄》8卷。在《晚晴移诗汇》中，也有其诗作《漫兴五首》、《青云行》、《苦雨散愁》、《张军门歌》、《夷陵立秋》、《登六盘山作歌》、《平谷山庄歌》、《丛台行》等。时人称道：“柏心之诗歌，雄丽深情，汪洋恣肆，别辟门径，直上杜小陵之席，天宝后，无此作也”。

王柏心晚年，精天史地之学。他纂有道光《黄冈县志》24卷，同治续修《东湖县志》28卷，同治《宜昌府志》16卷，同治续辑《汉阳县志》28卷，同治《当阳县志》18卷，同治《临湘县志》14卷，同治《监利县志》10卷。皆为当地所推崇，现人所借鉴。

现存《监利县志》为同治11年刊本，是王柏心晚年时期编纂的最后一部县志，载有5篇碑、记、书、文和4篇诗词，不但文藻感人之深，所述事迹亦情真意切。监利江患最烈，晚清时代，连年溃口，他十分关心监利东防。还以《陡螺埠望江水犹壮》为题，赋七律一首。诗云：:

岷山秋纳洞庭雄，黔粤巴巫众壑通。

一气混茫尘壤外，万山浮动晚波中。

村氓市小恒争米，处干荒庐但掩蓬。

目击滔滔思砥柱，几人无愧障川功。

他登上高不进数十丈的小小螺山，眼望江水猛涨，想到洞庭这水，发源于岷山，黔粤巫巴万流，汇集天此。秋水和长天接成一体，仿佛处天尘壤之外，万山立于大水包围的江湖里，势若浮动于晚波之中。村民唯恐饥馑之年又将来临，在螺山小市上争着购米；我这身居茅舍的读书人，只好闭着门忍饥挨饿。目睹这滔滔江水，有几人能作中流砥柱，建此江防之功呢？读此，可知他对于山川形势，胸中自有图画，而且睹物生悲，希望有人治理江患，足见他晚年怀为民之忧而忧的深厚感情。