2001年03月，担任中国中医科学院名誉院长、科技委员会主任委员。

2002年，担任国家自然基金委重大计划项目专家指导组组长。

2012年06月，被聘为中央文史研究馆馆员。

2019年06月29日，王永炎院士专家工作站在榆林市中医医院落成。

王永炎通过对缺血性中风系统临床观察，总结了证候演变、辨证治疗、调摄护理的规律；针对中风病急性期痰热证、痰热腑实证而设计、研究的化痰通腑汤与清开灵注射液静脉滴注疗法，提高了显效率，减轻了病残程度；在新药研究方面还主持研发了“痰热清注射液”、“苁蓉益智胶囊”、“脑栓通胶囊”等品种。在中医药标准化研究方面，主持了《中医药基本名词术语规范化研究》、《中医病案书写规范》和《中医内科常见病证诊断与疗效评定标准》等标准化建设工作。1999年主持了国家973项目“方剂关键科学问题的基础研究”，被科技部聘为首席科学家，提出了以方剂组分配伍研制现代复方中药的新模式，在中药现代化方面取得了一定的进展，在中国国内外产生了较为重大的学术影响。

根据2019年10月北京中医药大学心血管病研究所网站显示，王永炎先后作为第一主编出版《临床中医内科学》《今日中医临床丛书》等12部学术专著，发表学术论文120余篇。

截至2019年7月，王永炎先后主持中医药行业科研专项、WHO国际合作项目、国家973项目、863计划等。

截至2019年7月，王永炎先后获得国家科技进步一等奖1项、二等奖2项、三等奖3项。

王永炎提出学历教育、传承教育、师带徒培养相统一的人才培养理念，并培养了中医药行业第一个传承博士后。

根据2019年10月北京中医药大学心血管病研究所网站显示，王永炎先后培养医学博士48名，出站博士后23名。

王永炎注重中医药防治传染病人才培养与体系建设，建立了一支中医药防治传染病人才队伍与覆盖全国的重点研究室（基地），推动了中医药防治传染病体系建设。2012年，北京市教委批准北京师范大学“新医药学科群”建设项目，主要用于人才培养和提高团队水平。王永炎作为项目首席科学家，提出在“新”和“群”上下功夫，专注于高端人才培养与平台搭建。2018年，在王永炎的带领下，中国中医科学院中医临床基础医学研究所与中国医学科学院共同承担了国家传染病重大专项。

王永炎作为国家重点基础研究发展规划973专项《方剂关键科学问题的基础研究》的首席专家，他亲自组织9个研究单位、共计110多名中青年骨干参与研究，提出了以方剂组分配伍研制现代复方中药的新模式，形成多学科、多层次人才团队。

王永炎为中国中医药防治传染病工作做着积极的贡献。（中国工程院评）

作为中医药行业领军人物，王永炎院士以永不懈怠的精神状态和一往无前的奋斗姿态，在中医临床和科研工作上作出卓越贡献，用自己的言行践行了一名共产党员的初心与使命。王永炎热爱中医药事业，极力倡导发挥中医药在突发卫生事件中重要作用，并亲自组织实施，投身中医药应急工作。（国家中医药管理局评）