2009年3月6日，在全英羽毛球超级赛女子单打1/8决赛中，王琳以1-2（21-15、24-26、19-21）负于中国香港选手叶姵延，无缘八强。3月12日，在瑞士羽毛球超级赛女子单打1/8决赛中，王琳以1-2（21-16、13-21、13-21）负于中国选手王仪涵，无缘八强。4月11日，在亚洲羽毛球锦标赛女子单打半决赛中，王琳以0-2负于队友朱琳，止步四强。5月，王琳作为苏迪曼杯世界混合团体锦标赛冠军成员，成为李永波培养的第59位世界冠军。6月22日，在印尼羽毛球超级赛女子单打决赛中，王琳以1-2（21-12、18-21、9-21）负于印度选手赛娜·内维尔，获得亚军。8月15日，在世界羽毛球锦标赛女子单打半决赛中，王琳以0-2（18-21、19-21）负于卢兰，获并列第3名。9月21日，在中国羽毛球大师赛女子单打决赛中，王琳以1-2（14-21、21-14、14-21）负于队友王适娴，获得亚军。9月26日，在日本羽毛球公开赛女子单打半决赛中，王琳以0-2（15-21、17-21）负于队友汪鑫，止步四强。10月17日，在中华人民共和国第十一届运动会羽毛球女子单打决赛中，王琳以2-1（16-21、21-18、21-11）击败王适娴，获得冠军。11月1日，在法国羽毛球超级赛女子单打决赛中，王琳以0-2（9-21、12-21）负于中国选手王仪涵，获得亚军。11月14日，在中国香港羽毛球公开赛女子单打半决赛中，王琳以0-2负于队友蒋燕皎，无缘决赛。11月19日，在中国羽毛球超级赛女子单打第2轮中，王琳以0-2负于队友卢兰，无缘晋级。