1966年“文革”中受冲击。

1969年8月任桐乡县革委会第1副主任，主持全面工作。

1970年8月筹建长兴县委。

1970年10月任长兴县委书记。

1973年3月任嘉兴地委常委、组织部长。

1975年10月任浙江省委组织部副部长、部长。

1977年10月任浙江省委常委、组织部长。

1980年3月－8月在中央党校学习。

1982年8月任浙江省委常委、省人大常委会副主任。

1983年10月－1993年12月任省顾问委员会常委并兼任省老年大学校长、省关心下一代工作委员会主任。

2019年8月10日15时08分，浙江省委原常委、组织部原部长，省人大常委会原副主任，原省顾问委员会常委王耀亭同志（享受省长级医疗待遇）因病医治无效，在杭州逝世，享年99岁。

2019年8月15日上午，中共浙江省委原常委、组织部原部长，浙江省人大常委会原副主任，原中共浙江省顾问委员会常委王耀亭同志（享受省长级医疗待遇）遗体送别活动，在杭州举行。王耀亭同志逝世后，中共中央、全国人大常委会、全国政协有关领导同志以不同方式表示慰问和哀悼。车俊、袁家军、葛慧君、郑栅洁等省领导，刘锡荣、薛驹、李泽民、王金山、沈祖伦、葛洪升、柴松岳、吕祖善、王家扬、刘枫、李金明、周国富、乔传秀等老同志老领导，以前往医院或家中看望、慰问家属或发唁电、送花圈等不同方式表示吊唁。省委、省政府有关领导，李金明、周国富等老同志，王耀亭同志生前友好和家乡代表参加遗体送别活动。中共中央组织部，中共浙江省委、省人大常委会、省政府、省政协及省纪委省监委、省军区、省武警总队、省法院、省检察院、浙江大学等单位送了花圈、花篮或发来唁电、唁函。

无论是在革命战争年代、和平建设时期还是在改革开放新时期，王耀亭同志都保持一名共产党员的优秀品格，把毕生精力贡献给了党和人民的伟大事业。早在青少年时代，王耀亭同志即受党的影响，阅读进步书籍，接受革命思想，发动成立了村、乡青年抗日救国会。入党后，团结带领广大干部群众坚持不懈地同敌伪军作斗争。1949年1月随军南下，历经多个工作岗位，坚决服从组织安排，哪里工作需要就去哪里，始终认真贯彻党的路线方针政策，团结和带领干部群众为建设新中国而奋斗。十一届三中全会后，作为省委常委、组织部长，坚决拥护和贯彻执行党的路线特别是干部路线，为拨乱反正、落实老干部政策、为知识分子正名做了大量卓有成效的工作。担任省顾问委员会常委后，不顾年事已高，热情关心我省经济社会建设，带领一批老同志，一手创办了省关心下一代工作委员会，在全省开展“忘年交”“关心下一代大家谈”“帮困助学”等活动，鼓励和号召更多老同志投入到关心下一代工作中。离休后，继续关心党的建设和经济社会建设，积极参加各项活动，为关心下一代事业多方联系协调，体现出一名优秀共产党员的良好风范。

王耀亭同志一生光明磊落、胸怀坦荡，克己奉公、坚持原则，对共产主义信念坚定，对建设中国特色社会主义事业充满信心，对党和人民无限忠诚。他生活简朴，严于律己，清正廉洁，始终保持艰苦奋斗的优良传统。他的一生，是革命的一生、战斗的一生，是对党和人民事业孜孜以求、不懈奋斗的一生。他的崇高品质、革命精神和优良作风，将永远铭记在我们心中。