幼年丧母，父亡后，由继母抚养。天资聪颖，酷爱读书，明万历四十年（1618）中乡榜举人。崇祯元年（1628）中进士，授行人职，主管朝觐聘问、传旨、册封等事。不久迁官贵州道御史。一贯居官刚正，不畏权贵，政绩卓著。因进谏触怒皇帝，被谪官。后为晋王府幕僚。崇祯年间，陕西大旱，田园荒芜，饥民无以为生，聚奎怜惜乡里父老，上表请求发赈，未得允许，遂自捐银百两，麦米百石，赈济饥民。崇祯九年（1636）后，李自成、张献忠率农民起义大军，在长江、黄河流域，攻打官府，夺城占地，崇祯皇帝为挽残局，“讨逆”安邦，任聚奎佥都御史，巡抚湖广，率军“讨伐”，结果在湖广一带被义军击溃。一次激战中，长子被义军所杀，他心中伤感，认识到朝廷腐败，官贪吏虐迫使民变四起，朝廷已无能为力，加之军饷缺乏，官兵士气不振，战事连连失利，毅然弃官还乡。临别对知心的同僚说：“子且出而仕，吾且归眉也。”遂带少数卫士回归故里（一说：明末烽火遍地，时局艰难，聚奎出征，无所建树，于是免官，流落江湖，客游鲁豫间四五年，才返回故里）。