2002年06月-2006年01月，就读于清华大学环境科学与工程系环境科学，并获得博士学位。

2006年12月，受聘为南京大学环境学院教授、博士生导师。

2003年06月-2007年04月，担任国家环境保护总局环境规划院总工程师、院学术委员会主任、研究员。

2007年04月-2007年07月，担任环境保护部环境规划院教授、博士生导师。

2008年06月，担任重大科技专项《水体污染控制与治理》总体专家组总体组专家，主题组组长。

2010年02月，担任国家环境保护环境规划与政策模拟重点实验室主任、学术委员会副主任、研究员。

2017年08月，担任环境保护部环境规划院副院长、总工程师、院学术委员会主任、研究员。

2017年07月，当选中国农工民主党北京市第十三届委员会副主任委员。11月，当选中国工程院院士。12月，当选中国农工民主党第十六届中央委员会常委。

2019年07月，受聘浙江大学求是讲座教授。10月1日，受邀参加在北京天安门广场举行的庆祝中华人民共和国成立70周年庆祝大会观礼和联欢活动。

2022年4月，担任中国环境科学学会第九届理事会理事长。

2022年9月，当选中国科协生态环境产学联合体主席团主席。

2022年12月，当选中国农工民主党第十七届中央委员会委员、常务委员会委员、副主席。

2023年1月，当选政协北京市第十四届委员会副主席。

第十四届全国政协委员、常委、第十四届全国政协人口资源环境委员会副主任。

王金南系统构建了国家污染减排工程方案决策规划、污染减排工程实施管理以及减排工程的社会经济环境影响评估理论、方法与技术体系。

王金南设计了国家环境保护税、排污交易、生态环境补偿、绿色GDP核算等政策方案，并在全国实施应用。完成了国际上第一个连续13年的国家绿色GDP核算报告，创新提出了绿色GDP核算的2.0版本（GEP）和3.0版本（GEEP）。

截-2019年6月，王金南先后发表了300多篇论文，出版了《环境规划学》和《环境经济学》等11部专著。

截-2019年6月，王金南先后主持完成了国家“十一五”-“十三五”环境保护规划、重点流域和区域环境保护规划、《大气污染防治行动计划》《京津冀区域环境保护规划》和《雄安新区生态环境保护规划》等30多项国家规划。

2015年5月11日，王金南受邀参加在中意环境节能楼209会议室举行的清华大学环境学院“环环相扣”校友面对面活动，并做了《中国环境规划40年发展与回顾》主题讲座。

2016年9月28日，王金南应邀参加河南省人大常委会举办专题讲座，作了《中国的环境挑战与生态文明治理》专题讲座。

2019年3月24日，王金南应邀参加在湖南工商大学大数据与互联网创新研究院举行的麓山大讲堂第九十二讲，并做主题为《高铁出行的环境健康影响大数据分析》的讲座。

2019年4月6日，王金南在北京大学百周年纪念讲堂带来北京大学2019年春季学期“形势与政策”课程的第二场报告，主题报告为《科学认识‘三期叠加’特征，坚决打好打赢污染防治攻坚战》。

王金南为中国的环境规划学和环境经济学学科发展做出了突出贡献。（中国工程院评）

王金南为实现污染减排目标和改善空气质量、环境规划学学科发展以及环境决策科学化进程做出了突出贡献。（浙江大学评）