玛丽亚·伊莎贝尔于1797年5月19日出生，是葡萄牙国王若昂六世和西班牙的卡洛塔·华金纳的女儿，她也是巴西皇帝佩德罗一世的姐姐。1816年9月29日，玛丽亚·伊莎贝尔嫁给了她的舅舅西班牙国王费尔南多七世，费尔南多的原配那不勒斯和西西里的玛丽亚·安东妮亚公主于十年前过世，没有留下孩子。

玛丽亚·伊莎贝尔在第一个孩子出生后不久又再度怀孕，但此次的生产却十分艰辛，胎儿是臀位并且医生很快就发现孩子已经死亡。玛丽亚·伊莎贝尔很快就停止了呼吸，医生认为她已经过世；当医生开始割开玛丽亚·伊莎贝尔的腹部以取出死胎时，她突然痛得直吼叫并且昏倒在床上，大量出血。1818年12月26日，玛丽亚·伊莎贝尔在阿兰胡埃斯王宫去世，她生下了一个死胎，是个女孩且体型过大，她被安葬在埃斯科里亚尔修道院内。

正是由于玛丽亚·伊莎贝尔王后对艺术界的奉献和热爱，她设法收集了许多过去的珍宝并且创办了一座王家博物馆，这座博物馆于1819年11月19日开馆，它也是现今普拉多博物馆的前身。玛丽亚·伊莎贝尔与费尔南多七世育有两个女儿，她们的名字都一样，但均早夭：玛丽亚·路易莎·伊莎贝尔（1817年8月21日-1818年1月9日）；玛丽亚·路易莎·伊莎贝尔（1818年12月26日生、卒）。