玛丽亚·安农齐亚塔于1843年3月24日出生在两西西里王国的卡塞塔王宫。她是两西西里国王费迪南多二世与第二任妻子、奥地利-切申的玛丽亚·特蕾西娅·伊莎贝拉女大公（卡尔大公之女）的十二个孩子中的第四个，也是他们四个女儿中的长女。玛丽亚·安农齐亚塔的祖父母是两西西里国王弗朗切斯科一世和他的堂妹兼第二任妻子、西班牙的玛丽亚·伊莎贝尔公主。除了同母的兄弟姐妹外，玛丽亚·安农齐亚塔还有一位异母哥哥，未来的两西西里国王弗朗切斯科二世，他的母亲是费迪南多二世的第一任妻子，萨伏依的玛丽亚·克里斯蒂娜公主。

玛丽亚·安农齐亚塔的父亲于1859年去世，她同父异母的哥哥弗朗切斯科二世成为两西西里国王。然而，他的统治时间很短。他是两西西里的最后一位国王，朱塞佩·加里波第和撒丁国王维托里奥·埃马努埃莱二世的入侵结束了他的统治，弗朗切斯科二世被废黜后，两西西里王国成为新成立的意大利王国的一部分，由撒丁国王维托里奥·埃马努埃莱二世作为意大利第一任国王维托里奥·埃马努埃莱一世统治。玛丽亚·安农齐亚塔的母亲举家迁往罗马，成为教皇庇护九世的座上宾。不久，一家人又搬到了玛丽亚·安农齐亚塔家族拥有的法尔内塞宫。