虽然她已经放弃了在葡萄牙的继承权，但如果布拉干萨的男系完全灭绝，玛丽亚·安娜可以重新获得这些权利，1861年佩德罗五世和另外两个兄弟死于伤寒症，没有留下任何后裔，这种情况就差点发生了。然而，当路易斯一世与萨伏依的玛丽亚·皮娅结婚并生下两个孩子，即未来的国王卡洛斯一世和阿丰索王子时，这一假设被明确地排除了。尽管发生了这一切，玛丽亚·安娜似乎从未重视过这一假设，因为她的婚姻关系很不稳定，而且孩子很多。

1883年左右，她最小的儿子萨克森的阿尔贝特王子病重，导致玛丽亚·安娜照顾了他几个月，直到他康复。这被证明是致命的，因为在她丈夫格奥尔格一世登上萨克森的王位之前，她于1884年2月5日因体力不支去世。她被埋葬在德国德累斯顿的圣三一大教堂。