玛丽亚·贝亚特丽切在摩德纳出生，是摩德纳公爵埃尔科莱三世·德斯特和马萨女公爵玛丽亚·特蕾莎·奇博-马拉斯皮纳的头生子。玛丽亚·贝亚特丽切父母的婚姻不幸福，他们常年分居，仅育有两名子女：玛丽亚·贝亚特丽切（1750年4月7日出生）和里纳尔多·弗朗切斯科（1753年1月4日出生）。但里纳尔多在四个月大时夭折（1753年5月5日），使玛丽亚·贝亚特丽切被确立为继承人。她的父系血统可追溯至法王路易十三、摄政王奥尔良公爵菲利普二世和苏格兰女王玛丽·斯图亚特。她的母系先祖则来自奇博-马拉斯皮纳家族。

身为四块领地（摩德纳、雷吉奥、马萨和卡拉拉）的继承人，玛丽亚·贝亚特丽切是一个令人垂涎的婚姻对象。为扩大奥地利在意大利的影响力，玛丽亚·特蕾西娅女王试图安排玛丽亚·贝亚特丽切与奥地利大公利奥波德（后来的圣神罗马帝国皇帝利奥波德二世）结婚，但这桩婚事最后不了了之，玛丽亚·贝亚特丽切反而嫁给了利奥波德的弟弟费迪南德·卡尔大公。这对夫妇于1754年订婚。由于当时两人还过于年幼，因此，他们的婚礼直到1771年10月15日才在米兰举行。这对夫妇在摩德纳和米兰两地生活。