研究所成立于1981年6月，起初称作“中国环境科学研究院武汉大学环境法研究所”，由中国环境科学院和武汉大学联合创建。1988年国家环境保护局成立后，本所由国家环境保护局和武汉大学联合管理，改称“国家环境保护局武汉大学环境法研究所”，其负责人由国家环境保护局和武汉大学共同任命。

1998年，国家环境保护局更名为国家环境保护总局，本所又更名为国家环境保护总局武汉大学环境法研究所。

2008年，国家环境保护总局更名为环境保护部，本所相应更名为环境保护部武汉大学环境法研究所，通常简称为武汉大学环境法研究所。

武汉大学环境法研究所是中国第一个专门从事环境法学教学和研究的机构，首任所长是我国著名的法学家韩德培教授。

武汉大学环境法研究所于1982年开始试行招收和培养环境法专业硕士研究生，1986年获得环境法学科硕士学位授予权，建立了中国第一个环境法学硕士学位授权点。