海祇岛最初的神社并不在珊瑚宫，而是在岛屿东北方向的七天神像的所在位置。后来「海祇大御神」被雷神斩杀后，珊瑚宫便成了供奉「海祇大御神」的圣地。很久以前，在海祇人的祖先还在海底艰难生存的时候，正是「海祇大御神」击败深海龙蜥，将他们带到了阳光普照的陆地上。珊瑚宫上面的巨大珊瑚，便是「海祇大御神」从自己身上取下来的，珊瑚宫也因此得名。

《珊瑚宫记》：珊瑚宫者，初为海渊，后有大蛇渡来，盘桓而升涡流，塑珊瑚而成岛。是故珊瑚宫人名之「海祇岛」，盖以大蛇为神也。