1861年内战之始，尤尔退出联邦，加入弗吉尼亚州的邦联军队。他第一年就成了少校，因为懂得不少狡猾的战术，而邦联军正好需要这一类将领。

第一次牛奔河之役中尤尔很少投入战事。而在河谷会战中，他的作战方案因为有别于石墙杰克森的方案而与之争执，但最后一切听命于杰克逊。

后，他亦参与了七天战役，细德山之役和第二次牛奔河之役等等。一直以来他都因为英勇敢战而声名大增。1862年8月28日，尤尔于Groveton受重伤，其间成功向曾拒绝他的Lizinka Campbell Brown求婚。不久，石墙身亡，尤尔得晋升成为邦联军中的第二兵团的司令。