琉球于1876年两次派遣使者赴东京，请求日本同意和清国保持外交关系，被日本断然拒绝。琉球国被迫终止与清朝的外交关系。同年，记载琉球国历史的《中山世谱》《球阳》的编纂也被迫停止。

1879年（清朝光绪五年、日本明治十二年）3月11日，琉球藩被废除，编入鹿儿岛县。3月27日，日本内务省书记官松田道之率领41名内务官员，165名警部巡查队和熊本镇台分队的两个中队至那霸港，向尚泰王传达了废除琉球藩的命令。3月30日，日本天皇命令将最后一位琉球国王尚泰和他的儿子尚典移居到东京，尚泰王称病拒绝前往。4月4日，日本在全国范围宣布设立冲绳县，锅岛直彬为冲绳县知事。5月27日，尚泰王与其他王室重要成员乘坐日本东海丸号离开那霸港，前往东京，被封为侯爵。

日本将这段历史称作“琉球处分”。琉球藩设置为第一次琉球处分，废藩置县为第二次琉球处分。

1945年，二次世界大战日本接受《开罗宣言》 和《波茨坦宣言》无条件投降，日本战败。战后，琉球群岛交由联合国托管。1972年，美国将琉球群岛移交日本，冲绳县复县。

由于清朝方面在《北京专约》中承认了日本的出兵系“保民义举”，这给予了日本吞并琉球的口实。在北京签订完《北京专约》的大久保利通，回日本后便向明治天皇提出“今通过与清国之谈判，彼承认我征藩地为义举，并出银两抚恤受害难民，虽似足以表明琉球属于我国版图之实迹，但仍难说两国分界业已判然”，为将来计，期望明治政府借机断绝琉球“与中国之关系，在那霸设置镇台分营”。明治天皇接受了他的建议，次年7月10日，派遣内务大丞松田道之赴琉球，传达了天皇的命令：

琉球最初全部拒绝了日本的要求，亲日派的高官摄政尚健、三司官向有恒等也被迫辞职。但后来迫于形势，接受了日本关于内政方面的要求。但在外交方面拒绝与清朝断交，称与清朝断交“有失信义”，琉球方面绝对“坚守信义，以为保国之用具。”1874年9月11日，松田道之离开琉球。琉球派遣三司官毛有斐（池城亲方安规）、马兼才（与那原亲方良杰）、向德宏（幸地亲方朝常）、向维新（喜屋武亲云上朝扶）、向嘉勋（内间亲云上朝直）、翁逢源（亲泊亲云上盛英）等人随松田赴东京。对于琉球提出的要求，日本方面给予种种理由拒绝。琉球方面又遣尚弼（今归仁王子朝敷）前往感谢日本的出兵，次年又遣向邦栋（大宜味亲方朝救）再往东京请愿。九月，三司官毛凤来（富川亲方盛奎）赴日请愿。 但日本不准所请，毛有斐也在东京郁郁而终。

琉球被迫断绝了与清朝的外交关系。但同时，尚泰王依据毛有斐临终前的建议，秘密派遣向德宏、林世功（名城里之子亲云上）、蔡大鼎（伊计亲云上）等人，前往清朝，名义上是探问尚未归国的进贡使毛精长（国头亲云上盛乘）， 实际目的则是要求清朝就琉球问题与日本交涉。向德宏等人于1876年10月25日到达福州柔远驿，向闽浙总督何璟、福建巡抚丁日昌报告琉球国内之事。1878年10月7日，清朝驻日公使何如璋、副使张斯桂就琉球问题对日本表示抗议。马兼才、毛凤来等人亦请求荷、法、美、英等国评理。但诸国皆保持沉默，日本亦复函反驳。

1876年，琉球紫巾官向德宏、陈情通事林世功等人秘密至中国，请求清朝出面交涉琉球问题。次年，清政府派出第一任驻日公使何如璋。何如璋到任的第一件事，就是为日本并吞琉球提出抗议。

1879年6月12日，美国前总统尤里西斯·格兰特及其随员扬格（J. R. Young）和美国驻华副领事毕德格（W. N. Pethick）在天津会晤中国政府代表李鸿章，李鸿章要求他就琉球问题进行调停。格兰特慷慨答应。在他的调停下，日本与中国就琉球问题展开磋商，日本方面提出“分岛改约案”，愿割宫古、八重山两岛给中国，中国曾考虑接受此案，让琉球国王在此地复国。但琉球国在北京的官员再三诉愿，表示二岛土地贫瘠、无法生存，万不可接受。

1880年4月4日，李鸿章会见日本政府代表竹添进一郎，并出示了琉球三分方案，也即包括冲绳本岛在内的中部各岛归还琉球，恢复琉球王国，将宫古及八重山以南各岛划归中国，将包括奄美大岛在内的五岛划归日本。但日本不愿接受，谈判陷入僵局。

清朝与日本最终未在谈判条约上签字，琉球问题被长期搁置。琉球国内分为两派，一派支持日本的统治（以向建荣（大湾筑登之朝功）为代表。日本人称之为“开化党”），另一派则盼望中国的援助（以毛允良（龟川亲方盛武）、毛有庆（龟川亲方盛栋）等人为代表。亲日派称之为“顽固党”）。每逢节日，皆有大批支持清朝的琉球士族穿着传统礼服前往各地寺庙，名义上祭拜先王，实际上祈求中国战胜日本帮助琉球复国。

1894年中日甲午战争期间，亲清派在向志礼（义村按司朝明）的领导下，前往寺庙，祈求清朝战胜日本；琉球各地也盛传将有中国的黄色舰队前来攻打那霸，一时情势紧张。但随着甲午战争中国战败，无力再向日本提出琉球一案。日本并吞琉球遂成定局，琉球人复国之愿也就此熄灭。而少数不满日本统治的琉球人也选择流亡清朝（被称作“脱清人”）。