三国东吴赤乌二年（239年），改珠崖县为朱庐县，隶属珠崖郡，琼山县地时属朱庐县。

晋太康元年（280年），琼山县地时属合浦郡朱庐县。

梁大同年间（525～546年），琼山县地时属珠崖郡朱庐县。

隋大业三年（697年），琼山县地属珠崖郡颜庐、武德两县，大业六年（610年），武德县改为舍城县，琼山县地时属颜庐、舍城两县。

唐武德五年（622年），改颜庐为颜城县，属崖州。

唐贞观元年（627年），始设琼山县。

唐贞观五年（631年），置琼州（治今琼山旧州），琼山县隶属琼州。

唐天宝元年（742年），改琼州为琼山郡，琼山县时称琼山郡附廓。

唐乾元元年（758年），改琼山郡为琼州，今琼山县地跨琼州附廓和崖州的舍城县。

五代十国时期，南汉同唐制。

宋开宝五年（972年），琼州州治由今旧州迁至今府城域。今琼山县地跨琼州附廓和舍城县。

宋熙宁四年（1071年），废舍城入琼山县，属琼州。六年（1073年），琼山县时属琼管安抚司。

明洪武三年（1370年），琼山县隶属琼州府。

1949年6月，琼山县隶属海南特别行政区。

1950年4月，琼山县政府驻琼城镇（今府城）。

1952年，琼山县政府迁往岭脚。

1955年，琼山县政府又迁回府城（琼城镇改称府城镇）。

1988年，琼山县隶属海南省。

1994年1月24日，经国务院批准，琼山县撤县设市，4月8日，琼山市正式成立。

2002年10月16日，琼山、海口行政区划调整，析琼山市改置琼山区。2003年1月1日，琼山区正式挂牌成立。

2002年10月16日，国务院撤销琼山市和海口市秀英区、新华区、振东区，以原琼山市和海口市原秀英区、新华区、振东区的行政区域设立海口市秀英区、龙华区、琼山区、美兰区。

琼山市位于海南岛北部，南渡江下游。琼山市地处海南岛北部，跨南渡江下游东西两岸。东经110.11～110.41，北纬19.32～20.05。属热带海洋性气候。夏季则高温多雨，秋季热带风暴及台风暴雨频繁。年平均气温23.8C。1月平均气温12.1C。极端最低气温2.8C。7月平均气温28.3C，极端最高气温38.9C。平均年降水量1676.4毫米，雨季一般集中在8～9月。琼山市北与省会海口市融为一体。东西宽62公里，南北最大纵距60公里。面积2068.4平方公里。这里地势平缓，境内无高山峻岭，仅有一些低矮的小山岭。东部自南向北略呈倾斜，西部自北向南倾斜，北部和东南部高，中部南渡江沿岸较低平，东和东北部为沿海小平原。地貌类型分台地、平原、丘陵三大类。其中台地占89.3%，平原占7.3%，丘陵占3.4%。境内有百米以上山丘、山岭38座，其中最高的是马鞍岭，海拔222.2米，其余各岭海拔在150～200米之间。人口546671人。辖24镇、2乡、209个管理区、3个居民委员会。有2562个自然村。市政府驻府城镇，处于全岛陆上交通要冲地位。环岛东线高速公路、海榆东线及海榆中线3条干线均从境内通过。各乡镇均有地方公路通达。南渡江流经市境，在北部注入琼州海峡。境内流程达69公里。单独流入琼州海峡的有：演州河、演丰东河、演丰西河、罗梧溪。市境内海岸线长度约为74公里。主要港湾有：东营港、沙上港、北创港、曲口湾、北港、山尾湾等。

琼山是座历史悠久的古城。琼山，古名珠崖、琼州、京台、颜城。早在汉朝时属珠崖郡玳瑁县地，因当地盛产玳瑁而得名。隋朝时从玳瑁县东境设颜卢县。唐武德五年（公元622年）改颜卢为颜城，属崖州。唐贞观元年（公元627年），又改颜城为舍城，从舍城分出一部分设置琼山县。宋代按户口、资地条件等分为望、紧、上、中、下五等县，海南岛仅琼山属中等，其余的县均属下等。琼山经唐以来重点开发，经济、文化一直居全岛领先地位，为历史上海南发展最早和最好的地区。从贞观五年（公元631年）开设琼州府，直至清代，琼山县都为琼州府的所在地。由此得名“ 府城”。“琼山”一名的由来，据《方舆纪要》载“府南十里有琼山，土石多白，似玉而润， 县以此名。”就是说，因境内白石都的地方有一座白石头琼山，而县名取为“琼山”。到了唐贞观元年（公元627年）废除旧制，建立新县职的文武官员想起前年郊游白石山的奇遇，便纷纷提议，取城南白石山的白石洁润如玉的含义，取名琼山。这个建议很快得到采纳，新建的县便取名为琼山县。宋元明清和民国期间，琼山县建制一直不变，县府均设在府城镇。1950年5月海南岛解放，建制亦依前。1994年4月8日，经国务院批准，改为琼山市（县级市）。琼山建制历史悠久，具有优良文化传统，可谓地灵人杰。古时宋、明、清三代出进士56人，举人354人，居海南之最，超过全国且拥有进士平均数的一倍。我国历史上著名人物邱浚、海瑞等均出于琼山。在现代，出了驰名中外的冯白驹将军及不少重要军政人物。今日的琼山，人才济济，百业兴旺，经济、文化发达，面貌更加日新月异。

境内林木资源有：花梨、苦楝、麻楝、桉树、海棠、木麻黄、龙眼、菠萝蜜、母生、乌墨、乌榄、竹子等。红树林是一种热带海岸水生植物，东寨港拥有大片红树林自然保护区。海产资源有：鲻鱼、斑祭、青鳞、黑鲷、石斑、鲳鱼、马鲛；虾类有：墨吉对虾、斑节对虾、沙虾、毛虾；蟹类有：踞缘膏蟹、梭子蟹；贝类有：泥蚶、对虾，品质极优。主要矿物资源有：煤炭、硅藻土、泥炭、黏土、铅土、高岭土、石油和矿泉水等。

名胜古迹众多，旅游资源丰富，各主要名胜区交通便利。东寨港红树林风景区集中了我国60%的红树林，十余种不同类型千姿百态的红树林遍布浅海滩涂，方圆数十里，蔚为壮观。主要旅游景点还有：东山湖野生动物园、马鞍岭火山口、海南省鹿场、琼台书院、府城鼓楼、海底村庄、邱浚故居、冯白驹故居、李硕勋烈士纪念亭等。

土特产品有永兴镇的永兴荔枝、石山镇的雍羊、曲口镇的膏蟹、泥蚶、血鳝、牡蛎和对虾；龙塘镇的陶瓷器和府城的花梨木算盘以及椰子盅、椰雕、贝雕等。