瓜达拉哈拉大学的教学工作分为高等教育和中高等教育。前者由24个系和2个高等学院承担，后者由中高等教育委员会负责。

24个系是：管理系、经济-管理科学系（设在拉戈斯·德莫雷诺市）、农艺学系、建筑学系、生物科学系、物理-数学科学系、化学系、公共会计学系、法律系、设计系、经济学系、哲学与文学系、政治、政体与国际研究系、地理系、信息与计算机系、工程学系、医学系、兽医学与动物饲养学系、牙科学系、心理学系、社会工作系、旅游业系。

2个高等学院是：体育运动学院和现代语言学院。