瓦格宁根最古老的定居点地处莱茵河畔，瓦格宁根堡（高40米）脚下的一处建筑。在中世纪早期，该定居点搬到山上。在山顶附近发现了一个小教堂和几个林场的遗迹。在12世纪人们居住在现今的斯特拉堡处。在靠近沃尔德旅馆处发现了这一时期一处石头地板。为了保护城市免遭来自荒野的酸水侵害筑起一座堤坝。现在城市的古老部分被保留在城市南面，而胡格斯特拉北面的那部分城区是后来建的。1263年，瓦格宁根取得城市权，该城由一座城墙和一条护城河保护着。1526年，修建了一座古堡。古堡在18世纪期间解体了，但仍有三个堡塔基座和部份墙体至今依稀可见。

1918年，该城获得了第一个教育机构—兰布华格学校，后来该校变成瓦格宁根大学。由此开始这座城市从古老小城变成了现代科技社区，这一进程还在推进。瓦格宁根现在成为食品谷的中心，是一个汇集专业食品创新、研究和开发的公司以及机构的大熔炉。