瓦维尔大教堂建成于1364年，在其后的4个世纪里，它一直是波兰国王加冕和王室成员下葬的地方。

1946年11月2日，教宗若望保禄二世在教堂地地下室主持了他担任神父后地第一场弥撒，后来依其愿望安葬于此。

在现代社会里，最后一位被安葬在该教堂的波兰领导人是瓦迪斯瓦夫·西科尔斯基将军，他因在二战期间建立了波兰流亡政府并领导波兰人对抗外敌入侵而备受尊敬。

2010年4月，波兰官方计划将罹难总统卡钦斯基夫妇葬于国家圣殿瓦维尔大教堂，但这一举动在波兰民众中引发了争议。