甘卓回襄阳后，性情大变，意气骚扰，举止失常。主簿何无忌和家人都劝甘卓加强警觉，防备王敦，但甘卓不但不听，反而动怒。甘卓命士兵解甲大规模屯田，完全不留兵作防卫，功曹荣建劝阻但又不纳。襄阳太守周虑收到王敦密令要除去甘卓，又知道甘卓根本没有做任何防备措施，于是谎称湖中多鱼，劝甘卓命左右前往捕捞，甘卓听从。周虑于是命人在寝室袭杀甘卓，并将首级送至王敦处。甘卓第四子甘蕃一起被杀害。

太宁二年（324年），王敦之乱被平定，甘卓获追赠骠骑将军，谥曰敬。

《晋书·卷七十·列传第四十》原文：

甘卓，字季思，丹阳人，秦丞相茂之后也。曾祖宁，为吴将。祖述，仕吴为尚书。父昌，太子太傅。吴平，卓退居自守。郡命主簿、功曹，察孝谦，州举秀才，为吴王常侍。讨石冰，以功赐爵都亭侯。东海王越引为参军，出补离狐令。卓见天下大乱，弃官东归，前至历阳，与陈敏相遇。敏甚悦，共图纵横之计，遂为其子景娶卓女，共相结讬。会周玘唱义，密使钱广攻敏弟昶，敏遣卓讨广，顿朱雀桥南。会广杀昶，玘告丹阳太守顾荣共邀说卓。卓素敬服荣，且以昶死怀惧，良久乃从之。遂诈疾迎女，断桥，收船南岸，共灭敏，传首于京都。

元帝初渡江，授卓前锋都督、扬威将军、历阳内史。其后讨周馥，征杜弢，屡经苦战，多所擒获。以前后功，进爵南乡侯，拜豫章太守。寻迁湘州刺史，将军如故。复进爵于湖侯。

中兴初，以边寇未静，学校陵迟，特听不试孝廉，而秀才犹依旧策试。卓上疏以为：“答问损益，当须博通古今，明达政体，必求诸坟索，乃堪其举。臣所忝州往遭寇乱，学校久替，人士流播，不得比之余州。策试之由，当藉学功，谓宜同孝廉例，申与期限。”疏奏，朝议不许。卓于是精加隐括，备礼举桂阳谷俭为秀才。俭辞不获命，州厚礼遣之。诸州秀才闻当考试，皆惮不行，惟俭一人到台，遂不复策试。俭耻其州少士，乃表求试，以高第除中郎。俭少有志行，寒苦自立，博涉经史。于时南土凋荒，经籍道息，俭不能远求师友，唯在家研精。虽所得实深，未有名誉，又耻炫耀取达，遂终，归身不仕，卒于家。

卓寻迁安南将军、梁州刺史、假节、督沔北诸军，镇襄阳。卓外柔内刚，为政简惠，善于绥抚，估税悉除，市无二价。州境所有鱼池，先恒责税，卓不收其利，皆给贫民，西土称为惠政。

王敦称兵，遣使告卓。卓乃伪许，而心不同之。及敦升舟，而卓不赴，使参军孙双诣武昌谏止敦。敦闻双言，大惊曰：“甘侯前与吾语云何，而更有异！正当虑吾危朝廷邪？吾今下唯除奸凶耳。卿还言之，事济当以甘侯作公。”双还报卓，卓不能决。或说卓且伪许敦，待敦至都而讨之。卓曰：“昔陈敏之乱，吾亦先从后图，而论者谓惧逼而谋之。虽吾情本不尔，而事实有似，心恒愧之。今若复尔，谁能明我！”时湘州刺史谯王承遣主簿邓骞说卓曰：“刘大连虽乘权宠，非有害于天下也。大将军以其私憾称兵象魏，虽讬讨乱之名，实失天下之望，此忠臣义士匡救之时也。昔鲁连匹夫，犹怀蹈海之志，况受任方伯，位同体国者乎！今若因天人之心，唱桓文之举，杖大顺以扫逆节，拥义兵以勤王室，斯千载之运，不可失也。”卓笑曰：“桓文之事，岂吾所能。至于尽力国难，乃其心也。当共详思之。”参军李梁说卓曰：“昔隗嚣乱陇右，窦融保河西以归光武，今日之事，有似于此。将军有重名于天下，但当推亡固存，坐而待之。使大将军胜，方当崇将军以方面之重；如其不胜，朝廷必以将军代之。何忧不富贵，而释此庙胜决存亡于一战邪！”骞谓梁曰：“光武创业，中国未平，故隗嚣断陇右，窦融兼河西，各据一方，鼎足之势，故得文服天子，从容顾望。及海内已定，君臣正位，终于陇右倾覆，河西入朝。何则？向之文服，义所不容也。今将军之于本朝，非窦融之喻也。襄阳之于大府，非河西之固也。且人臣之义，安忍国难而不陈力，何以北面于天子邪！使大将军平刘隗，还武昌，增石城之守，绝荆湘之粟，将军安归乎？势在人手，而曰我处庙胜，未之闻也。”卓尚持疑未决，骞又谓卓曰：“今既不义举，又不承大将军檄，此必至之祸，愚智所见也。且议者之所难，以彼强我弱，是不量虚实者也。今大将军兵不过万余，其留者不能五千，而将军见众既倍之矣。将军威名天下所闻也，此府精锐，战胜之兵也。拥强众，藉威名，杖节而行，岂王含所能御哉！溯流之众，势不自救，将军之举武昌，若摧枯拉朽，何所顾虑乎！武昌既定，据其军实，镇抚二州，施惠士卒，使还者如归，此吕蒙所以克敌也。如是，大将军可不战而自溃。今释必胜之策，安坐以待危亡，不可言知计矣。愿将军熟虑之。”

时敦以卓不至，虑在后为变，遣参军乐道融苦要卓俱下。道融本欲背敦，因说卓袭之，语在融传。卓既素不欲从敦，得道融说，遂决曰：“吾本意也。”乃与巴东监军柳纯、南平太守夏侯承、宜都太守谭该等十余人，俱露檄远近，陈敦肆逆，率所统致讨。遣参军司马赞、孙双奉表诣台，参军罗英至广州，与陶侃克期，参军邓骞、虞冲至长沙，令谯王承坚守。征西将军戴若思在江西，先得卓书，表上之，台内皆称万岁。武昌大惊，传卓军至，人皆奔散。诏书迁卓为镇南大将军、侍中、都督荆梁二州诸军事、荆州牧，梁州刺史如故，陶侃得卓信，即遣参军高宝率兵下。

卓虽怀义正，而性不果毅，且年老多疑，计虑犹豫，军次猪口，累旬不前。敦大惧，遣卓兄子行参军卬求和，谢卓曰：“君此自是臣节，不相责也。吾家计急，不得不尔。想便旋军襄阳，当更结好。”时王师败绩，敦求台驺虞幡驻卓。卓闻周顗、戴若思遇害，流涕谓卬曰：“吾之所忧，正谓今日。每得朝廷人书，常以胡寇为先，不悟忽有萧墙之祸。且使圣上元吉，太子无恙，吾临敦上流，亦未敢便危社稷。吾适径据武昌，敦势逼，必劫天子以绝四海之望。不如还襄阳，更思后图。”即命旋军。都尉秦康说卓曰：“今分兵取敦不难，但断彭泽，上下不得相赴，自然离散，可一战擒也。将军既有忠节，中道而废，更为败军将，恐将军之下亦各便求西还，不可得守也。”卓不能从。乐道融亦日夜劝卓速下。卓性先宽和，忽便强塞，径还襄阳，意气骚扰，举动失常，自照镜不见其头，视庭树而头在树上，心甚恶之。其家金柜鸣，声似槌镜，清而悲。巫云：“金柜将离，是以悲鸣。”主簿何无忌及家人皆劝令自警。卓转更很愎，闻谏辄怒。方散兵使大佃，而不为备。功曹荣建固谏，不纳。襄阳太守周虑等密承敦意，知卓无备，诈言湖中多鱼，劝卓遣左右皆捕鱼，乃袭害卓于寝，传首于敦。四子散骑郎蕃等皆被害。太宁中，追赠骠骑将军，谥曰敬。

讨周馥，征杜弢，屡经苦战，多所擒获。

为政简惠，善于绥抚，估税悉除，市无二价。州境所有鱼池，先恒责税，卓不收其利，皆给贫民，西土称为惠政。

武昌既定，据其军实，镇抚二州，施惠士卒，使还者如归。

顾荣：“甘季思忠款尽诚，胆干殊快；殷庆元质略有明规，文武可施用；荣族兄公让明亮守节，困不易操；会稽杨彦明、谢行言皆服膺儒教，足为公望；贺生沈潜，青云之士；陶恭兄弟才干虽少，实事极佳。凡此诸人，皆南金也。”

房玄龄等《晋书》：

“①甘卓伐暴宁乱，庸绩克宜，作镇扞城，威略具举。及凶渠犯顺，志在勤王。既而人挠其谋，天夺其鉴，疑留不断，自取诛夷。”

“②詹临南服，卓莅西州。政刑克举，威惠兼修。应嗟运促，甘毙疑留。”

先祖：甘茂

曾祖：甘宁

祖父：甘述

父亲：甘昌

儿子：甘蕃、另三子无考。

侄子：甘卬