截止2017年底，图书馆自动化管理系统管理的纸质图书总量达62.3837万册，外文图书2.956万册，纸质期刊合订本累计达4.2533万余册，纸质现刊456种，馆藏古籍图书3.4499万册（其中线装古籍2.3809万册，古籍特藏1.0702万册），其中馆藏朝鲜内府刊《东医宝鉴》、元刻《(闻人氏)痘疹论》、明刻本《类经》等善本，台湾出版的《敦煌宝藏》、文渊阁影印本《四库全书》等，构成了本馆的古籍藏书特色；购置电子图书60.5万余种，电子报纸250余种，电子期刊18501种，各类数据库或平台共45个，包括中医药古籍大系数据库、CNKI中国知网系列数据库、万方数据库、中国生物医学文献系统、爱迪科森网上报告厅、库克数字音乐图书馆、新东方多媒体学习库、维普考试资源系统、《台湾学术文献数据库》科学库、万方外文文献数据库、中药材图像数据库（免费）、中草药化学图像数据库（免费）、药用植物图像数据库（免费）等在内的各种类型数据库28个；全球大学生创新创业与就业数据资源平台、中医药系列知识服务平台、维普智立方知识发现系统、本地PubMed、百链云图书馆、读秀学术搜索、维普论文检测系统、随书光盘系统、中医药趣味练习网上教学平台等学术搜索平台9个；书香中国互联网数字图书馆、移动图书馆、新东方掌上学习平台、微信图书馆等移动端APP 4个；自建学位论文数据库、甘肃中医药大学古籍特色库、馆藏书目数据库（OPAC）等特色数据库3个，购置NoteFirst文献管理软件系统1套；从而形成了高质量、学科覆盖齐备、印刷型与数字型并重、文本与多媒体兼顾，中西医文献为主、其他各类文献为辅、古籍文献为特色的信息资源保障体系。