1949年8月31日，中国人民解放军兰州市军事管制委员会接管甘肃农业改进所，同年10月25日，甘肃行政公署第一次专员联席会议决定恢复甘肃农业改进所。

1950年2月后改名为甘肃省人民政府农林厅农业改进所。

1962年5月，经济作物研究所并入粮食作物研究所，改为作物研究所。

1964年经国家农业部批准，由中国农业科学院和甘肃农业科学院共同在甘谷建立了“甘谷小麦锈病试验站”（1966年“文革”开始后撤销）。

1965年9月院部又迁到邱家湾玻璃厂旧址，与园艺、植物保护两个研究所一起办公，并在此基础上建设新院址。

1966年，“文革”开始后，农科院的科技人员大多集中在院部参加“文化大革命”，科研工作基本处于停顿状态。

1967年2月5日，农科院职工群众组织夺了院、所的领导权，由院、所职工群众推选代表组成“甘肃农科院临时生产管理委员会”，领导全院的科研生产工作。

1968年4月11日，甘肃省革命委员会批准将“甘肃农业科学院”改称为“甘肃省农业科学院”，并成立甘肃省农业科学院革命委员会。同年10月31日，按照省革命委员会指示，甘肃省农业科学院又迁回武威黄羊镇。

1969年2月4日，甘肃省革命委员会决定，撤销甘肃省农业科学院。

1969年10月，在原甘肃省农业科学院的基础上成立甘肃省农牧业管理局下属的甘肃省农业科技工作队（县级）革命委员会筹备小组。

1972年12月，在甘肃省农业科技工作队的基础上恢复县级建制的甘肃省农业科学院，隶属省农业局领导。

1973年7月3日，根据甘肃省农业局指示，中共甘肃省农业科学院委员会研究决定，恢复粮食作物、土壤肥料、植物保护、园艺4个专业研究所，民勤治沙站也划归省农科院领导。

1975年，建立经济作物和林业两个研究所，张掖九公里园艺场全部划归省农业科学院。

1975年6月，甘肃省农业科学院由县级改为地级，隶属省农业厅领导。

1978年8月，甘肃省农业科学院在《甘肃农业科技》编辑组和图书资料室的基础上，成立了科技情报研究所；同时将林业科学研究所和民勤治沙站划归省林业厅领导。同年10月，将园艺所分解为果树研究所和蔬菜研究所。

1979年1月，经中共甘肃省委批准，撤销省农科院革命委员会，实行党委领导下的院长分工负责制。同年4月，院水产组扩建为水产研究所。

1982年，经甘肃省人民政府批准，省农科院院址再次由武威黄羊镇迁回兰州市安宁区刘家堡。

1985年，甘肃省农科院的兰外各专业所均已迁入兰州，基本完成了集中建院任务。

2001年4月30日，组建“甘肃省农科院生物技术中心”和“甘肃省农科院农产品贮藏加工研究中心”。

2006年11月4日，撤销甘肃省农业科学院粮食作物研究所、经济作物研究所，农业测试中心和兰州试验场。

2023年10月，甘肃省农业科学研究院（正宁）紫苏产业技术研究院”揭牌。

2024年2月28日，甘肃省农业科学院积石山现代农业产业研究院在积石山县挂牌成立。

根据2017年11月机构官网显示，科学院有职工1811人，在职职工889人；有硕、博士230人，高级专业技术人才251人；入选国家“新世纪百千万人才工程”3人、国家级优秀专家3人、省优专家13人、省领军人才39人，享受国务院特贴36人，有省科技功臣1人、陇人骄子2人、国家现代农业产业技术体系首席科学家1人、岗位科学家10人、综合试验站站长12人、博士生导师7人、硕士生导师44人。

国家级优秀专家（3人）：王吉庆、秦富华、党占海

“新世纪百千万人才工程”国家级人选（3人）：党占海、高世铭、樊廷录

享受国务院政府特殊津贴专家（36人）：王吉庆、邱仲华、李守谦、唐修文、秦富华、周文麟、马天恩、朱福成、刘桂英、吕福海、李隐生、李秉衡、陈效杰、金绍龄、于英先、孟铁男、孙志寿、刘积汉、宋远佞、徐宗贤、黄文宗、韩靖国、欧阳维敏、党占海、贾尚诚、吴国忠、雍致明、陈明、王效宗、宋尚有、高世铭、王兰兰、张永茂、王一航、张国宏、吕和平

甘肃省优秀专家（13人）：宋尚有、高世铭、金社林、周文麟、马天恩、刘积汉、李守谦、李秉衡、金绍龄、邱仲华、兰念军、郭天文、杜久元

甘肃省科技功臣（1人）：王一航

陇人骄子（2人）：王一航、王兰兰

根据2017年11月机构官网显示，科学院下属14个研究所，在兰外设有3个试验场、3个专业试验站；有国家级与省部级工程中心（实验室）18个，有1个博士后科研工作站，9个农业部野外科学观测试验站和13个现代农业产业技术体系综合试验站，在全省不同生态类型区建有22个综合试验站。

国家级科研平台（4个）：国家农业技术转移示范平台、现代农业产业技术体系试验站、国家甲级资质工程咨询中心、国家绿色农业兰州研究中心

农业部科研平台（8个）：农业部学科群野外科学观测实验站、国家油料改良中心胡麻分中心（农业部）、国家现代农业产业技术体系胡麻产业技术研发中心（农业部）、果品加工技术研发分中心（农业部）、农产品加工预警监测体系甘肃分中心（农业部）、国家大麦改良中心甘肃分中心（农业部）、西北作物抗旱栽培与耕作重点实验室（农业部）、农业部农产品质量安全风险评估实验室（兰州）（农业部）

国家发改委科研平台（1个）：西北优势农作物新品种选育国家地方联合工程中心（国家发改委）

科技部科研平台（1个）：国家技术转移示范机构（科技部）

甘肃省科研平台（8个）：甘肃省油用胡麻工程技术研究中心（省科技厅）、甘肃省农产品贮藏加工工程技术研究中心（省科技厅）、甘肃省优势农作物种子工程研究中心（省发改委）、甘肃省旱作区水资源高效利用重点实验室（省科技厅）、甘肃省农业废弃物资源化利用工程实验室（省发改委）、甘肃省无公害农药工程实验室（省发改委）、甘肃省中药材种质改良与质量控制工程实验室（省发改委）、甘肃省小麦种质创新与品种改良工程实验室（省发改委）

下属研究所（14个）：作物研究所、马铃薯研究所、小麦研究所、旱地农业研究所、生物技术研究所、土壤肥料与节水农业研究所、蔬菜研究所、林果花卉研究所、植物保护研究所、农产品贮藏加工研究所、畜草与绿色农业研究所、农业质量标准与检测技术研究所、经济作物与啤酒原料研究所（加挂中药材研究所牌子）、农业经济与信息研究所

根据2017年11月机构官网显示，科学院图书馆馆藏中文图书5.4万多册，中文期刊1328种，电子图书1.0万册，外文图书3290册，外文期刊22026册、合订本685册；该院以及农业系统技术报告、成果汇编等内部文献约1.6万册；每年订购中文期刊100种左右，其中《甘肃农业科技》保存较为完整。

根据2017年11月机构官网显示，院内有14类品种作物种质资源。

截至2011年12月31日，科学院鉴定验收并登记的科研成果为974项。自1978年以来获奖成果442项（凡重复获奖者，均以最高奖计），其中获得国家级科技成果奖24项，国家发明专利27项、国家实用新型专利14项、计算机软件著作权3项，国家植物新品种保护3项； 甘肃省科技功臣1人，获得省部级奖289项，市、厅级奖151项 ，院奖42项，社会力量颁奖14项。24项国家级奖励中，主持8项，协作参加16项。

《甘肃农业科技》于1996年入编《中国学术期刊》（光盘版），被中文科技期刊数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国期刊全文数据库（CJFD）收录，为中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）统计源期刊。2015年起被超星期刊域出版平台及中国终身教育学术研究数据库收录。

根据2017年11月机构官网显示，科学院有1个博士后科研工作站。（注：博士、硕士研究生为科学院与大学联合培养，官网未列出具体招生专业与大学名称）

农学（招收旱农生态、作物育种、农产品加工、植物保护四个专业）

根据2017年11月机构官网显示，科学院有硕、博士230人；有博士研究生导师7人，硕士研究生导师44人。

科学院对进站从事博士后研究工作的人员，给予每年5万元左右的科研经费支持，科研经费的来源为院拨付50% ，博士后研究人员所在项目组匹配50%，负责博士后科研工作站的具体管理部门可从科研经费中提取3%的经费用于博士后管理工作的必要开支。博士后研究人员工资及住房公积金等福利待遇由所在项目组支付。博士后研究人员的院拨科研经费由计财处列入专项管理。

2007年，科学院有1篇研究生论文获得《甘肃农业科技》优秀论文一等奖，2篇获得二等奖。

院徽为绿色双环互相围绕，中心有绿色苗状图案，图案下方有科学院英文缩写，代表该机构服务三农，引领全省现代农业发展；院旗中底色为深绿色，院徽与院名均为黄色，院徽位于左上角，中间偏方有院名中文题字与英文拼写。

服务三农、吃苦耐劳、开放包容、求实创新

科研立院、人才强院、创新兴院、产业富院

2021年5月21日，甘肃省农业科学院脱贫攻坚工作协调领导小组办公室被甘肃省人民政府表彰为“全省脱贫攻坚先进集体”。

2022年3月30日，被中国科协命名为2021-2025年第一批全国科普教育基地。

2022年4月29日，甘肃省农科院陇椒遗传育种创新团队入选“甘肃省五一巾帼奖”候选先进集体拟推荐公示名单。

2022年9月，甘肃省农科院陇椒遗传育种创新团队入选2022年度“甘肃省五一巾帼奖”集体拟表彰名单。