生化武器不仅在战场上使用，还在秘密战线得到应用。秘密战线的间谍、特工也使用生化武器，进行生化战。

秘密战线上最早使用生化武器是英国情报机构，为了追杀德国盖世太保头子海德里希，英国情报机构组成“类人猿”行动小组。英国生物战专家向情报人员推荐用生物毒剂弹：X弹，该种毒剂弹是在反坦克手榴弹内装人肉毒杆菌毒素。

1942年5月27日，“类人猿”行动小组潜伏在海德里希当天活动的必经之路处，当盖世太保的车辆经过时，英国情报人员的X弹投掷了过去。“轰”一声，X弹炸开。海德里希受伤，肉毒杆菌毒素进入他的体内，结束了他罪恶一生。

在冷战期间，苏联克格勃制造了一种刺杀工具——毒伞枪，它的外形像一把普通雨伞，伞柄和伞杆上装有枪管和发射装置。毒伞枪发射的毒弹直径2毫米，弹头尖端处含有剧毒的生物毒素：蓖麻毒素，它是从蓖麻种子中提炼出来的剧毒物质。当暗杀者扣动伞柄上的扳机，毒伞枪上的发射装置便利用气体力量，把小型毒弹发射出去。