生物侵蚀一词描述生物活动破坏底质的过程。生物侵蚀对于沉积物的形成具有很大的作用，控制早期成岩过程以及化石的埋藏历史。许多在薄片中见到的细粒碳酸盐岩颗粒是由于生物钻孔代谢形成的，尤其是泥粒级的颗粒可以解释为这种成因，如SEM研究所示，在珊瑚礁中，生物侵蚀依靠各种环境因素，如光线、营养供给和水深。钻孔发生于深海和浅海中、清水和陆地环境中（对于植物喀斯特地层的形成、灰岩的分解以及用于建筑石料和艺术雕刻的大理石的形成起作用）以及影响碳酸盐岩、活的或者死的生物骨骼和坚硬的洋底。石内钻孔者（藻类、多毛目环节动物）和食草动物（如食草鱼类和海胆）改变和重新分布。