生物过滤器，是指用于处理或降解污染物（如恶臭、易生物降解的挥发性化合物和不产生酸性副产物的化合物）的有机质载体。如土壤、泥炭、堆肥、木屑、灌木等。生物过滤器具有设备少、操作简单、不需外加营养物、投资运行费用低、去除效率高等优点，广泛应用于农业生产，如将甲烷氧化为二氧化碳。生物过滤器的主要缺点是：反应器体积大，缺乏循环水相，反应器运行条件较难控制，长期运行填料会被分解、压实，导致器内压降增大，影响传质效果；而在处理硫系、含氯恶臭气体过程中，还会使填料酸化，须定期进行更换等。

床生物过滤器可在封闭单元里进行生物过滤。池水被泵装有特制硅砂的过滤室，这些硅在一直运动着的悬浮液中呈涡运动，生长在这些颗粒表面的有细菌就可以除去水中的生物性物，然后与臭氧设备和蛋白质分设备一样，处理过的水在重力作下返回池塘。