元和三年，纲吉世子、年仅5岁的德松病死。纲吉顿生空寂之感，也开始倾心佛法。桂昌院请隆光为新世继诞生祈福。据《三王外记》记载，隆光此时向桂昌院进言说：「今子供不蕃，皆其前世多杀生之报也。殿下诚欲延嗣，盖当禁杀生。且殿下丙戌生，戌属狗，最宜爱狗也。」桂昌院便以此劝说纲吉。纲吉本一天性宽悯之人，在天和二年就曾颁发过“忠孝奖励高札”，这份高札虽然主要作用是设置孝子表彰制度，但其中也包括“禁止予马匹过量积载”的条款。谏言可谓与纲吉初意暗合。同时纲吉又极重孝道，对母亲的话言听计从，因此于贞享二年（1685）七月，在将军御成节上发布“猫狗可自由穿行将军御成道，不得束羁”的命令。这被看作生类怜悯令的先声。到贞享四年正月廿八，纲吉正式颁布《生类怜悯令》。

生类怜悯令的颁布给百姓造成了深重的灾难。百姓中只要捕鸡、杀猫，甚至弄伤假寐中在身体上攀跑的鼠，都被抓入监狱。蚊、虱、蚤、 蝇都被禁止捕杀。这违背人们的生活常理。禁止捕鱼弹鸟，以及玩蛇等生物的杂技，使无数人失去了生计而沦为流民。江户町人的金鱼统统送往藤泽游行寺的池子里放生。又因为对狗的特别优待，如人不得踢狗，狗吃商店的东西不得被驱赶，遇见狗“争执”要调停；狗互相打架受伤，附近的百姓要负担医疗费用等等，使大名们不得不把犬置于轿中往来运送，百姓每次都伏首跪拜，皆敬称狗为“犬样”。百姓为防止犬斗带来麻烦，不得不设立身着犬纹样羽织的番人，专门在各路口负责“犬分水”，阻止狗汇集一处。人们纷纷不敢养狗，导致野狗横行，即使发布“禁止弃犬令”（见上，1694）也无济于事。于是纲吉于次年先后在四谷·大久保·中野地方大规模建立犬小屋达16万坪，施工费用为银2314贯余，米5500余石。保护野狗数目最高达82，000匹，专派医师二人予以看护治疗。每犬1日食白米3合、味噌50匁、干沙丁鱼1合，合银16贯余。每年各种维持经费累计达98，000两，这笔花消于是又落到江户町人与众大名的头上。如此重困民力，真犹如以犬食人，市人苦于虐政，怨谤载道，恨幕府入骨，直呼纲吉以“犬公方”的诨名，并将其与两名近臣合称“三条狗”。幕府和百姓已几乎势同水火。