《甲乙事案》现存多种抄本，但卷数相异，并且都不是足本。清代道兴年间有活字本名《圣安本纪》的六卷刊行于世，题“昆山遗民亭林氏顾炎武撰”，在《荆驼逸史》中也收录了这本书，但实际上，《顾氏遗书》和《明季稗史》中均作收录的《圣安本纪》只有两卷，其内容及文字风格与该六卷本的《圣安本纪》完全不同，而《甲乙事案》抄本则与此《圣安本纪》在文字上完全相同，根据历史学家朱希祖先生发表在《历史语言研究所集刊》第二本第二册的论文考证，此六卷本《圣安本纪》便是《甲乙事案》的足本。朱希祖先生列举了三点对此加以证明：第一，两收序文除最后署名外完全相同，不同的只是《甲乙事案》序末题的是“竹坞遗民文秉书于考?之南云庵”，六卷本《圣安本纪》序末题的则是“昆山遗民亭林氏顾炎武撰”。

该序文的整体风格，句调词例，与文秉在其它文章中所撰序文相似，而与顾炎武的文风断然相异；第二，序文中所说的遭仲氏之难，屏迹深山，与顾炎武身世不相符合；第三，抄本《甲乙事案》中所述及的予故大学士文某谥，六卷本《圣安本纪》改作文震孟。由以上三点，可以证明六卷本《圣安本纪》与《甲乙事案》实际上是同一本书，其作者是文秉而非顾炎武。至于为什么《甲乙事案》会被易名为《圣安本纪》且作者也换成了顾炎武，不外是《甲乙事案》被清列为禁书，传抄者恐违犯禁令，所以将其易名为《圣安本纪》；也有人说是刻书的人为了赢利，所以才假冒名气甚大的顾炎武之名，是否可信，无从考证。

因为《甲乙事案》以“弘光”纪年，显然触犯满清的禁忌，再加上对崇祯帝的称呼也并不称清朝所加的谥号，而且书中违碍之语甚多，所以乾隆五十三年，军机处奏清销毁该书。

崇祯十七年（即公元1644年）三月，李自成率军攻陷北京，崇祯帝朱由检自缢身亡。消息传到南京后，南京文武大臣商议拥立新君，当时崇祯帝的三个儿子都没逃离北京，可选者只有散在各地的藩王，明神宗的直系子孙福王、惠王、瑞王、桂王等有资格当选，但惠、瑞、桂三王均远在西南地区，不便拥立，于是各大臣接受了马士英的主张，拥立福王朱由崧为帝。定下一年为弘光元年，弘光政权建立后，内部党派林立，纷争严重，一方面，以马士英、阮大铖为首的大臣浊乱朝政，贿赂公行；另一方面，身为皇帝的福王朱由崧，浑浑噩噩，沉迷酒色。

弘光政权所统辖的地方不过是东南的半壁江山，成立便处在清朝政权虎视眈眈的威胁这下，亡国的危险时刻存在。面对这一处境，弘光朝上下本应戮力同心，发愤图强，共谋恢复。但在实际上，却是继承明末政治的党派林立，分为东林党和阉党两派，各以军事实力为后盾，互相倾轧。权臣马士英自恃拥立皇帝有功，把持了朝政大权。他先是排挤史可法出外督师而自己留朝辅政，被时人称为“秦桧在内，李纲在外”。然而，正“倚重士英”的弘光帝朱由崧却根本听不进这些言论，使马士英从此更加肆无忌惮。而当时的淮扬，徐泗、凤寿、滁和四镇总兵黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐也在马士英的纵容下更加”尊贵自恣，渐不可制”。

四镇之间不断发生争斗，自相残杀，使得本就兵力不强的南明军队实力更加衰弱。接着，马士英又不顾东林党人的坚决反对，举荐阮大铖出来参政，不出几个月，阮大铖便由兵部添注右侍郎升为兵部尚书，兼右副都御史，自此，马、阮二人勾结在一起，全力打击、排斥东林党人，使吕大器、姜曰广、刘宗周、高弘图、徐石麒等都被迫离职。从此，马士英、阮大铖完全掌握政权，树党营私，大兴冤案。而弘光帝朱由崧本只知沉湎酒色，对马，阮的乱权专政不闻不问。

据《甲乙事案》记载，他登基后，“惟饮烧酒淫幼女及伶官演戏为乐”，他曾经为了演戏而夜半鸣钟，使外廷大臣大为吃惊，按照惯例，宫中只有发生大的变故才会夜半鸣钟，当群聚于宫门之外的大臣惴惴不安时，却是太监开启宫门传达旨意，说是要调取演戏用的道具鬼面子。史可法在被排挤出朝政后，改任兵部尚书，时刻不忘北上进取，恢复明朝基业的抱负，他在刚刚出京督师行祭泗、凤二陵之礼时，曾经“北顾神州，山河顿异，感痛填膺，不能已己”；在上疏弘光帝时，曾在疏中清求弘光帝”处深宫广厦，则思东北诸陵魂魄之未安，享玉食大庖，则思东北诸陵麦饭之无展”，“战兢惕励，无敢刻忘”，以求“二祖列宗在天之灵”，“请命上帝”，默助“兴复中兴”。

史可法为了实现北上进取的志向，一方面与清廷谈判，一方面准备动用武力解决问题。他竭尽全力调解四镇之间的摩擦冲突，并最终使高杰也确立了北上进取的决心，然后，他便与高杰等辛苦经营，抓住一切机会，向北方进军，遇到清兵南下掠地，则坚决抵抗，然而，他的这些爱国行动，却一次次受到权臣马士英的破坏和干扰。弘光元年四月，在扬州保卫战中，史可法誓于场州城共存亡，在清军以炮破城后自刎而死，壮烈殉国。”史可法阵亡之后，弘光朝廷不久即告覆灭，仅仅存在了一年，文秉为此悲叹：“权奸误国，千古同揆，可胜叹哉！可胜叹哉！”