前期“甲寅派”不仅是个文学流派，同时也是一个思想流派。这一时期章士钊的调和思想也渐趋成熟。他不仅在《政本》、《政力向背论》和《调和立国论》等文章中系统阐述了 “相抵”、“有容”、“相让”的调和思想，其追随者李大钊、高一涵、李剑农等也先后发表《辟伪调和》、《调和之法则》、《调和賸言》、《调和私解》、《调和之本义》等文章，对章士钊的调和思想进行翼护和发展。

章士钊还无意中为后来的新文化运动播下了火种。对此，常乃惪有过详细讨论，他在1922年出版的《中国思想小史》中写道：“培植这个新文化运动的种子的人是谁？陈独秀吗？不是。胡适吗？不是。那么究竟是谁呢？我的答案是章士钊。”“民四民五，正是政治上极黑暗的时代，梁启超在《大中华》上已主张抛弃政治，专从社会改造入手，章士钊在《甲寅》上驳他的议论，仍主张应注意政治。后来的文化运动是跟着梁启超的主张走的，章士钊的主张似乎失败，但梁启超虽然主张从社会入手，他却并没有给后来的文化运动指出新路，章士钊虽然也并不知道新文化运动是什么，但他无意间却替后来的运动预备下几个基础。”具体来说就是“理想的鼓吹”、“逻辑式的文章”、“注意文学小说”、“正确的翻译”、“通信式的讨论”，其中除第二点后来的新文化运动未能充分注意外，其余都是由《甲寅》引申其序而到《新青年》出版以后才发挥光大的，“故我们认《甲寅》为新文化运动的鼻祖，并不算过甚之辞。”这一观点得到了学术界的认同。1939年张君劢在为《逻辑指要》作的序中则将这一时期的章士钊比之于开创魏晋玄学之风的向秀：“《晋书·向秀传》曰：庄周著内外数十篇，历世方士，虽有观者，莫适论其旨统也。秀为之隐解，发明奇趣，振起玄风，读之者超然心悟，莫不自足一时也。吾以为行严先生之性格，清悟远识，又何殊向秀？其传播欧洲学说，能发明奇趣，使读者超然心悟，又何殊向秀？即其文格言之，岂不直追魏晋，而与时下文章之粗粝鄙俗者，何可同日语哉！”

护国军军务院撤销后，南北矛盾并没有消除。之后双方在国会内部展开激烈斗争。这些矛盾和斗争后来又集中反映在府院之争上。1917年，围绕“一战”参战问题，双方矛盾表面化。段祺瑞召集以皖系军阀为骨干的十余省督军在北京举行“督军会议”，胁迫黎元洪同意将对德参战案提交国会讨论，同时指使军警流氓数千人组成所谓“公民请愿团”包围国会，要求通过参战案。黎元洪在美国驻华公使的指使下，下令将段祺瑞免职。段则驰赴天津，指使皖、奉、浙、鲁、陕、黑和直隶八省督军宣布脱离中央，并在天津设立各省总参谋部，准备武力倒黎。别有用心的张勋借口进京调停，乘机拥溥仪复辟。段祺瑞则借机在马厂誓师，发兵驱逐张勋，重新掌权。

段祺瑞上台后，拒绝恢复《临时约法》和国会，孙中山遂举起护法旗帜，在广州召开非常国会，成立军政府，发起护法战争。但护法军政府内部矛盾重重。1918年5月，护法军政府进行改组，实行七总裁制，而以岑春煊为主。岑上台后，急电章士钊南下相助。1919年春，南北和谈在上海举行，章士钊作为南方议和代表，随唐绍仪赴沪出席会议。

这一时期，章士钊逐渐由主张政治调和转向主张新旧调和。1917年5月，他在东京中国留学生组织的神州学会发表的演讲中就指出：“从前欧洲思想之变迁，乃食文艺复兴之赐，现在思想，仍略含有复古的臭味。吾国将来革新事业，创造新知，与修明古学，二者关联极切，必当同时并举。”稍后，他在北京大学文学研究会改组会和北京大学成立20周年纪念会上发表的演讲中继续就新旧调和问题系统发表了自己的看法，这些演讲稿曾刊于《北京大学日刊》和《国立北京大学廿年纪念册》。其中在北京大学举行的成立20周年纪念会上的演讲稿经增改后以《进化与调和》为名重刊于《甲寅周刊》。1919年9月27日，章士钊应邀在上海寰球中国学生会发表的演讲中，再次对其新旧调和思想作了进一步的阐述，他还将自己演讲的要旨概括为两句话：“一曰新旧调和，一曰社会自决。”章士钊的新旧调和主张引起了新思潮阵营的猛烈批评。为了回应这些批评，他在广州师范学校演讲时以《新思潮与调和》为题，对新思潮与新旧调和的关系做了系统讨论。新文化运动以反传统为主旨，而撬动这场运动的章士钊此时却主张新旧调和，这使其站到了运动的对立面。不过，章士钊真正走向“反动”——即回归文化保守主义，则是在1921年欧游之后。

1924年10月，冯玉祥发动北京政变，囚禁曹锟，段祺瑞重新执政。曾经反对过段祺瑞的章士钊，此时竟应邀北上，出任执政府司法总长兼教育总长，不免让人大跌眼镜。与此同时，他第三次恢复了《甲寅》。不过此时的《甲寅》已不是月刊，也不是日刊，而是周刊。早在当年1月5日，章士钊就在上海《申报》上刊出《创办甲寅周刊招股广告》：“吾国政情群态，日趋繁邃，新思异见，相应以兴，宜觅相当之径途，使之表见。迩来京沪各地之舆论机关，日刊月刊，组织初备。惟介乎二者之间，时之迟速，篇之广狭，质之凝流，各各合度，而又政治学艺，众流齐汇，夹叙夹议，趣味浓深，中流以上，无不寓目，如英之《司配铁特》，美之《新共和》等周刊之品，尚未有闻。士钊……拟创办一规模较备，适于营业之周刊，颜曰《甲寅》。以昔年曾为是志，颇广流传，虽文士之结习未忘，冀读者是遗爱犹在。股额定十万元，每股五元，计二万股，不分零币。……招足半额，始行开办。”这个广告曾惹得陈独秀差点笑掉大牙。陈在一篇文章中写道：“更奇怪的是他（指章士钊）近来忽然登报发起集资十万元办《甲寅》周刊。行严君！以十万元办一周刊，在欧美大工业资本社会原不算什么，连工业后进的日本还不配，何况中国？”出乎意料的是，章士钊还真的把《甲寅周刊》办起来了。

在《甲寅周刊》上，章士钊先后以孤桐的笔名和本名发表了《代议非易案》、《创办国立编译馆呈文》、《创设国立女子大学呈文》、《答适之》、《文俚平议》、《评新文学运动》、《反动辨》、《创设教授院议》、《特定学区议》、《答稚晖先生》、《再答吴稚晖先生》、《三答稚晖先生》、《论南京倡投壶礼事》、《何故农村立国》、《论业治》等文章。

《新闻报》和《甲寅周刊》时期构成中国现代思想史、文学史上的“后甲寅”时期。

这一时期章士钊虽然在政治上仍未放弃自由主义，但在文化上已经完全回归保守主义。纵观这一时期章士钊的思想，已经不再是主张政治调和或新旧调和，而是在精神上主张以农业立国；在制度上预言代议制度不适于中国，并试图改造之；在文化上反对新文化运动，特别是白话文学；在教育上主张恢复读经和整顿学风。吴稚晖曾用普通大门上贴的春联，即“敦诗说礼，孝弟力田”八个字来概括其“全般政策”。新思潮阵营更将其视为新文化运动的拦路虎，称其为“老虎总长”，称《甲寅周刊》为“老虎报”。

章士钊作为新文化运动的播种者，操笔弄政，一次次搅动了中国思想界，誉满天下；到如今成了新文化运动的反对者，并通过《甲寅周刊》在其周围形成一个文化保守主义群体，不时搅起一股股论潮，招来新思潮阵营一次次的批评、责难甚至诅咒，谤满天下。其文字的魅力也远非昔日可比。当时就有一位读者在来信中指出：“此章君乙丑之文，非甲寅之文也……甲寅之岁，章君为文，乃流居异域，处士横议之文也。今年乙丑，章君为文，乃执政府兼长两部，台阁之文章也。文固出于一人，而时地不同矣。”