宋徽宗大观年间（1107～1110）僧孔清觉（？～1121）创建于杭州白云庵，故名。孔清觉奉《华严经》，立四果十地论，因而其教又被称作“四果”、“十地菜”。教徒在家者称“道民”，以屏妻子、断荤酒为戒律，晨夕诵经，躬耕自活。尤其反对禅宗。初为官府禁止，后获承认。南宋时流行于浙西，徒众千百为群，焚香结会，在地方上很活跃。在流行过程中，戒律趋于松弛，教徒中的上层分子往往交通官府，勾结权势，借故敛财，横行州县。宁宗庆元、嘉泰（1195～1204）间，又一度遭到禁止。

元朝统一江南，为白云宗专立摄所，其势力进一步发展，徒众多达数十万人。成宗大德七年（1303），元政府鉴于白云宗势力过大，扰乱地方，罢摄所，令白云宗田产依例输租，徒众与民一体负担赋役。武宗至大元年（1308），复立白云宗摄所，秩从二品，设官三员；次年，再罢。仁宗延■二年（1315），授白云宗主沈明仁荣禄大夫、司空。六年，沈明仁以擅度僧四千八百余人、强夺民田两万顷等事坐罪。七年，仁宗诏籍江南昌为白云宗僧者为民。英宗至治三年（1323），又括白云宗田。白云宗虽然受到这些打击，但迄于元末一直处于合法地位。文宗至顺年间（1330～1332），它还索回了一部分被官府籍没的田地。入明后遭到禁止。