19世纪白日寺第一任堪布益西次旺对该寺进行了大规模的维修和扩建，新建拉让、僧舍、辩经场、乃吉康（集会堂）、第巴色康（财产管理处）等。大殿为寺院主体建筑，坐北朝南，高二层，占地527平方米，包括经堂、佛堂和喇嘛拉康等。①经堂。面积14柱，经堂未供奉佛像，但四壁皆壁画，为八部大论以及莲花生的生平故事等。经堂内东西两侧是经书架，主要有《丹珠尔》、《甘珠尔》，还有历代高僧活佛所著宁玛派经典以及诗歌、医学、历算、艺文等典籍。②佛堂。面积16柱，供有该寺主尊宁玛派大师莲花生，主尊两侧有其妻子和堪珠·益西措杰的塑像。另有大译师毗卢遮那佛像，铜铸，均为原建。此后，又供奉赤松德赞、康钦·普第沙达（印度人）的泥塑像。③喇嘛拉康。位于三层，面积4柱，供有宁玛派高僧活佛塑像。白日寺兴旺时期有僧人1 000。寺院共传承五代活佛，依次为喜饶温色、仁增·敦觉多杰、仁增赤列朗杰、仁增·白玛旺杰、仁增措杰，第二代以后活佛均为世袭，第四代活佛白玛旺杰编写经书《隆梯》。光绪二十五年（1899）拉萨发生谋害十三世达赖事件，该寺受株连，被没收部分财产和土地，革除住持职务，规定以后不能转世，并设立了以堪布为首的最高寺权制度。1899～1959年，先后有益西次旺、贡觉曲穷、阿旺朗杰等三位堪布。20世纪70年代，白日寺遭破坏，全部建筑被拆除，寺院已成废墟。