该作最重要的要素是增加了任务关等级评价系统，游戏中按照玩家通过任务关的时间和摧毁目标的数量来决定获得怎样的评价，分为A、B、C、D四种等级，A级评价最好，D级最差，而不同的等级评价也会决定随后任务的走向以及打开的隐藏要素。

《皇牌空战3》出现了皇牌空战系列中到目前为止惟一的脱离大气层在外太空的任务。

在《皇牌空战》最经典的钻隧道部分，《皇牌空战3》的隧道内机关重重、弯道及障碍物多，是现在所有《皇牌空战》中最难的一个。

另外，在每一作《皇牌空战》必有的空中堡垒上，《皇牌空战3》也制作了一个外形似飞艇一样的空中堡垒UI4053，使每一位《皇牌空战》的玩家感受到其战斗的爽快。

日版的《皇牌空战3》内容非常丰富，由两张光碟组成。

日版的《皇牌空战3》首次出现了很强的故事性，具有52个任务，多个不同的故事路线，为历代《皇牌空战》中任务数量最多的一个作品。日版的《皇牌空战3》一周目有13-19个任务，5种不同的结局，但不同的结局只决定各个游戏人物的生与死，而最终的游戏世界格局无论哪种结局都一样。这种设定使日版受到普遍的欢迎。

在游戏界面上，该作的游戏语言也与其他作品大不一样，日版的界面以日语为主，语音也为日语。

日版具有分支故事路线模式，选择不同的分支就会为不同的势力效力，而遭遇的关卡也将出现对立相反的现象。这种现象在第一个分支后就出现，比如，如果玩家在第一个分支后选择加入General Resource，下一关将进攻一个飞机场；而如果在这个分支后选择留在UPEO，下一关仍然是这个机场，但职责就完全相反，成了保卫该机场。而到了中后期的几个分支点之后，如Comona岛制空战、Edwards海港城市攻防战将分别分为多达4个和6个不同的任务，这些不同的任务对应加入不同的势力，相对应的就将是角色和职责都完全对立相反的进攻战或者是保卫战。

美版和欧版的《皇牌空战3》于2000年3月20日发售，使用一张光碟。

用“敷衍”二字来形容该作的美版和欧版毫不为过，因为美版和欧版中删除了日版中的大部分故事，任务减少至36个且只有一条故事主线，所以美版和欧版普遍受到批评，也使不少北美、欧洲玩家即使不懂日语也要玩日版的《皇牌空战3》。

美版和欧版一周目有35或36个任务，分别对应两种稍有不同的结局，这两种结局的性质类似于《皇牌空战2》的正常结局和奖励结局。美版的界面完全为英语，除了战斗中之外没有语音。

而在开场动画中，美版和欧版变更了开场动画，但依然把日版的开场动画作为隐藏动画设定在美版和欧版的《皇牌空战3》中。

在美版和欧版的《皇牌空战3》中，玩家自始至终为UPEO效力。

总的来说，《皇牌空战3》由于日版和美版的巨大差异，使该作获得了毁誉参半的评价。

无论是日版的5条不同的故事路线还是美版的单一故事路线，其总体剧情大致相同。

《皇牌空战3》中的USEA大陆已经统一为一个整体的国家，而某些大型企业已经达到富可敌国的地步，因此该作的战争不是国家之间的战争，而是企业之间的战争。

在日版的5种不同的路线中，如果加入General Resource，玩家将代表General Resource攻击Neucom；而如果加入Neucom，玩家将代表Neucom攻击General Resource；如果留在UPEO，玩家将代表UPEO在General Resource和Neucom之间调和，一会儿帮助General Resource攻击Neucom，一会儿反过来帮助Neucom攻击General Resource。但无论玩家在哪一方势力，最后都将代表各自的势力消灭Ouroboros，即使后期玩家加入Ouroboros，也会识破其阴谋而反过来消灭它。

日版和美版欧版的大致剧情如下：

由于Neucom的运输机多次在规定的USEA的禁飞区内出现，UPEO出动把其击落，此举令Neucom Inc向General Resource宣战。 UPEO部队联同General Resource的协助，抵挡Neucom的攻击，但当General Resource反过来向Neucom发动攻击时，UPEO又保卫Neucom。

经过多次拉锯战之后，一个叫Ouroboros的组织公开承认他们是这次战争的幕后主脑，而UPEO的总司令也是Ouroboros的人，Nemo一直被利用来增加两个公司之间的纠纷，Nemo要毁灭Ouroboros。在最后一战中，Ouroboros成功被毁灭，其中两架飞机逃脱，Nemo追向其中一架飞机X-49 Night Raven（Rena），把其击落。另一架飞机UI-4054 Aurora则由General Resource的Dision驾驶，最后Dision被击落，战争结束。

这场战争后来被称为“企业战争”（Corporate War）。

注：以下游戏人物均为日版中的人物，美版中没有出现任何游戏人物。

Nemo：

玩家扮演的角色。“Nemo”是游戏默认的玩家名字，在游戏刚开始时可以修改。

Nemo是Simon制造出的一个高度智能化的计算机程序，也就是AI（人工智能），而“Nemo”本身在拉丁语中的意思就是“虚无，没有名字的意思”。Nemo可以不受任何飞行时遇到的问题的困扰，并且可以进入电子空间阻止敌计算机破环程序的入侵，还可以进入其他飞机的操纵系统，也就是可以同时驾驶多架飞机。

Abyssal Dision：（配音：江原正士）

1997年10月10日出生。

2018年他毕业于Sandberry GR防御学院并获得航空航天工程学位。那年9月，他加入通用资源公司，作为通用资源公司防御力量GRDF的飞行员。

加入GRDF之后，他功勋卓著，表现突出。2026年因在镇压恐怖活动的任务中的功劳而被通用资源公司制定为王牌飞行员。

Keith Bryan：（配音：中村大树）

2010年5月19日出生。

2028年以Sandberry GR防御学院高中交流生的身份毕业。他加入了通用资源公司，并且是GRDF的飞行员。

Erich Jaeger：（配音：保志总一朗）

2016年8月30日出生。

2039年Oxform大学毕业并获得国际政治科学学位。任职于Upeo.

2040年Sarf成立，他作为飞行员加入其中。

Rena Hirose：（配音：白鸟由里）

2027年4月27日出生。

9岁时因其驾驶天分而被General Resource LTD公司看中，此后7年间在该公司参加了各种与战斗机有关的研究项目。

2037年加入UPEO，由于高超的战斗机驾驶能力而获得皇牌飞行员的称号，2040年正式加入航空部队SARF。

Fiona Chris Fitzgerald：（配音：渡边久美子）

2016年1月26日出生。

3岁时因具有天赋而参加特殊教育。22岁在Edwards大学Aviation工程研究所获得人文硕士学位。

2039年加入upeo,现2040年在sarf服役。

Cynthia Bridgitte Fitzgerald：（配音：川村万梨阿）

2012年2月9日出生。

2033年，21岁的她在Chopinbrook大学基因工程学院完成了硕士学业。

当年，她加入了通用资源公司。

2037年，加入通用资源公司4年后，她移籍Neucom公司。2040年，她是NEU的王牌飞行员。

Simon Orestes Cohen: （配音：中尾隆圣）

2000年1月17日出生。

2032年从大学的情报学研究科获得博士学位，期间（2022年）因发表《遗传信息变换与人工智能构成的基础理论》而获得电子科技奖，并于2023年加入General Resource LTD公司；在该公司工作了8年之后，于2031年转入Neucom Inc公司。2040年主要从事与军事相关的研究。

玩家所扮演的“Nemo”就是由Simon创造的（Nemo项目，Nemo的总服务器是他的一台超级计算机），他设计了5种不同的结局供Nemo去探索。从某种角度来看，整个《皇牌空战3》的故事都是由Simon一手制造的。而只要将5个结局全部通关后，他就会出现并告诉玩家，玩家是自己制造的AI，在他设计的5条故事路线中都能击败Dision。

Yoko Martha Inoue：（配音：玉川纱己子）

1999年9月3日出生。

2025年从大学的脑生理学研究科获得了博士学位，同年加入General Resource LTD公司。2028年参加了“电子空间”计划，并构筑了完整的“电脑化”理论体系。2030年因为其研究所发生事故而意外身亡，年仅30岁。

Aldair Carlos Nascimento：（配音者不明确）

1964年7月21日出生。

1989年从大学的经济学部毕业，同年加入Genenral Resource LTD公司。现任Genenral Resource LTD公司常务社长。

这是个只在UPEO路线中短暂出现的人物，他的离去极大地改变了局势的走向。

Gilbert Park：（配音：麦人）

1992年3月6日出生。

2014年从大学的经济学系毕业之后就加入General Resource LTD公司，在担任过各种重要职务之后，2031年由该公司推荐到UPEO担任要职。在他担任了航空部队SARF的司令官之后，SARF的军事活动更加频繁，但UPEO的治安能力也获得了很大提高。虽然是UPEO“温和派”的议员，却是公认的亲General Resource LTD派人物。然而其周围经常出现不好的传闻。

游戏的最后无论任何哪一条路线都发现他是Ouroboros在UPEO的内线。

Gabriel W Clarkson：（配音：系博）

1984年2月29日出生。

2010年获得了大学的国际政治研究科博士学位。2029年由USEA的联邦国会议员转而担任NUN的要员，2037年起担任UPEO治安维持机构的代表议长。善于用政治手段解决各种争端，是UPEO中的“理性派”。

在日版的皇牌空战3中有几个任务是分支任务，玩家选择不同的分支就会跟随上文介绍的不同的人物转投下列不同的势力，最终的结局也就不同。

UPEO

Universal Peace Enforcement Organization，世界维和执行组织。拥有武装力量在世界范围内维持和平和秩序，隶属新的国际同盟——新联合国。UPEO用SARF来镇压各地的各种争端。

看似UPEO对各民族各国家各企业都一视同仁，其实不然。事实就像原欧亚大陆连合体官员Gabriel W. Clarkson所说那样，upeo被通用资源公司支配，“UPEO是通用资源公司的傀儡”。

直到2037年，Gabriel W. Clarkson加入UPEO，情况才有所改善。UPEO存在的意义是什么，世人拭目以待。

战机配属：

EF-2000E Typhoon II、MiG-33 Fulcrum SS、F/A-18U Hornet ADV、F-16XFU GyrFalcon

R-101U Delphinus #1 、R-201U Asterozoa 、Su-37 Super Flanker 、Su-43 Berkut

通用资源公司

通用资源公司（General Resource LTD）。凝结了巨大金融资本，并在跨国架构上支配商品产销的企业集团。资本主义原理指导着金融市场的全球化进程，企业间合并和吞食变得常见与频繁。所有国家的资本资产最终以最大的尺寸合并集中。在这种合并集中的浪潮之中，GENERAL RESOURCE LTD.迅速成长并最终发展为巨大跨国经济实体。 　像GENERAL RESOURCE LTD.这样的跨国经济实体的形成，使原本法律意义上的政党和国家变得子虚乌有。企业开始管理一切。

战机配属：

F-16XA SakerFalcon、F-15S/MT Eagle+、A/F-117X NavHawk、F-22C Raptor II

F/A-32C Erne、RF-12A2 Blackbird、XFA-36A Advanced

Neucom Inc

可以和通用资源公司抗衡的又一个跨国经济实体，由Erusea太空总署(EASA:Erusea Air and Space Administration)发展而来。它在众多尖端科研方面遥遥领先，比如：神经-计算方面拥有新的计算机技术，可以提取人的记忆。其它还有：生物子方面，全球信息交流方面，纳米技术方面，等等。 （注：“Erusea”是在续作《皇牌空战4》中才出现的国家，该作中只是说明Neucom是由一个太空开发公司发展而来，因此Erusea太空总署在该作中并未提及，而是到了续作皇牌空战X中才规定Erusea太空总署发展成为Neucom）.

Neucom公司有五个子公司构成：Neucom Info（信息）、Neucom Space（太空）、Neucom Bio（生命科学）、Neucom Sphere（交流）和Neucom Publishing（传媒与外务）。

公司命是由神经和计算机两词合并而来。

NEUCOM INC.'S PAST AND PRESENT : Neucom公司的前身是原“欧亚太空署”，一个政府所有的太空开发组织。Neucom公司能发展到今天这般境地，主要是因为它那太空开发部。太空开发部可以说是Neucom公司一开张上帝就送给他的一个礼物。

二十一世纪三十年代，Neucom公司从通用资源公司大批挖人，并从各种组织雇佣大量天才科学家，而不管员工的国籍、表现和初衷。比如，从破产的中介那里要人。以及，吸纳业绩不好的团队。这些天才科学家们极大地扩展了Neucom公司的业务。

2034年，Neucom公司吸纳了一家通讯公司和一个软件团队，由此建立了全球卫星通讯网，并领跑通讯业。

2039年，随着“浮城”的完工，可以说“Neucom公司让不可能变可能”。

由于Neucom公司这种强调科研的态度，它常常被指责“科学高于法则”导致“行为没有人性”。当Neucom公司建立了自己的武装力量之后，它所受到的批评就更多了。

战机配属：

R-101 Delphinus #1、R-102 Delphinus #2、R-103 Delphinus #3、R-201 Asterzoa、R-211 Orcinus、R-311 Remora、R-352 Sepia、XR-900 Geopelia

Ouroboros

由Dision一手创建的组织，集合了UPEO，通用资源公司和Neucon Inc的精良装备和一流人才，以空中航母UI4053“Sphyrna”为基地。在发表了要“实现世界电脑化”的宣言之后，便使用X-49击沉了了Neucon Inc的海上移动都市“MEGA FLOAT”。

战机配属：

Su-37 Super Flanker、Su-43 Berkut、R-103 Delphinus #3、XFA-36A Advanced、X-49 Night Raven、UI-4054 Aurora

跟随Dision

玩家在每一个分支处都跟随Dision，将从UPEO转投General Resource，在一次客机任务中玩家击落了Fiona驾驶的客机，Erich和Cynthia可以击落也可以不击落，后跟随Dision转投Ouroboros，Rena、Keith在最后被玩家摧毁，最终在电子空间中玩家将Dision击落。

跟随Keith

玩家首先跟随Dision转投General Resource，在一次客机任务中玩家摧毁了Fiona驾驶的客机，Erich和Erich和Cynthia可以击落也可以不击落，最后玩家将Dision击伤，Dision和Keith两人相互把对方摧毁，最终战玩家击落Rena。

跟随Cynthia

玩家首先跟随Fiona留在UPEO，在一次客机任务中玩家成功保卫了Fiona驾驶的客机，随后玩家击落Erich并加入Neucom，并击落Keith，后期跟随Cynthia加入Ouroboros，在一段动画中显示Fiona在一次基地事故中丧生，最终玩家与Cynthia一同击落了Dision和Rena。

跟随Fiona

玩家首先跟随Fiona留在UPEO，在一次客机任务中玩家护卫Fiona驾驶的客机，随后玩家击落Erich并加入Neucom，并击落Keith，后期玩家继续跟随Fiona，最后玩家与Fiona将Cynthia击落，再顺着隧道追击Dision和Rena，并在最终的海底城内将Dision和Rena摧毁。

跟随Rena和Erich

玩家首先跟随Fiona留在UPEO，在一次客机任务中玩家摧毁了Fiona驾驶的客机，随后玩家跟随Rena和Erich继续留在UPEO，随后的任务中Keith和Cynthia可以击落也可以不击落，最终玩家与Erich一同击落了Dision。