龙兴寺前身为於皇寺，於皇寺在北宋就已建成。

宋金战争时，龙兴寺被金人所毁，后又修复。

宋蒙战争中，龙兴寺被毁。

元代，一位於皇寺逃亡的僧人“宣”回到了於皇寺旧址，重建了寺庙。

元至正四年（1344年），明代开国皇帝朱元璋在於皇寺出家为僧。

元至正十二年（1352年），龙兴寺毁于兵火。

明洪武十六年（1383年），朱元璋下诏重建於皇寺。因於皇寺旧址离皇陵太近，焚修不便，于是异地重建。同年九月，於皇寺重建完工，朱元璋赐名“龙兴寺”

明建文年间（1399一1402年），中军都督佥事孙岳在凤阳领兵时，曾拆龙兴寺木材修战舰。

明永乐元年（1403年）四月，中军都督佥事孙岳因破坏龙兴寺的罪名被罢免。明永乐三年四月，修复龙兴寺。