1990年，毕业于布隆迪大学，主修体育教育，毕业后留校任教。

1995年，布隆迪内战中，图西族士兵进攻布隆迪大学，恩库伦齐扎在混战中险些丧生。同年，他以士兵身份加入胡图族反政府武装“保卫民主力量”。

1998年，出任“保卫民主力量”副秘书长。

2001年，当选为“保卫民主力量”主席。

2003年11月，与时任总统多米蒂昂·恩达伊泽耶在南非行政首都比勒陀利亚签署了和平协议，结束内战。“保卫民主力量”作为政党加入布隆迪过渡政府，皮埃尔·恩库伦齐扎担任过渡政府中负责良政和国家总监察事务的国务部长。

2005年8月，当选布隆迪总统。

2010年6月，连任布隆迪总统。

2015年7月，皮埃尔·恩库伦齐扎再次当选布隆迪总统。